3、惨遭罢官
应该说，海瑞的举措只是局部的改革，但已触动了江南既得利益集团的利益，因此遭到他们大肆攻击和极力反对。就像当年海瑞被从兴国县知县位置上调走一样，既得利益集团极力操纵运作，千方百计要把海瑞赶走，以维护自身利益。
隆庆四年(1570)正月，正当海瑞领导大批饥民破土修浚吴淞江，江南“小民始忻忻有更生之望”的时候，刑科给事中舒化首先发难，上疏指责海瑞 “迂滞不谙事体”， “非人情”、“出寻常之外”、“创新奇之法”，只宜与两京清秩处之，而不可重用。
紧接着徐阶以重金贿赂给事中戴风翔劾瑞“庇奸民，鱼肉缙绅，沽名乱政”，“不可一日居地方”。甚至造谣称海瑞的一妻一妾在一个晚上一起死去，很可能出于谋杀。
在连篇累牍的诽谤声中，明廷以“志大才疏”为由，罢去了海瑞应天巡抚的职务。消息传出，江南黎民“号泣载道，家绘像祀之”。
而此时，与海瑞有夙怨的高拱东山再起，以吏部尚书入阁柄政，他进一步迫使海瑞在1570年春天辞职回乡。这年四月，海瑞离开南京回琼山老家。着名历史学家白寿彝在着作中评价海瑞，“他自四十岁跨入仕途，至此十有七年。俸禄所余，仅置居第一区，值一百二十金;租田十亩，其他皆无所增益。其清苦如此，在当时的官僚中是罕见的”。
就这样，海瑞在既得利益集团的操纵下，终于惨遭罢官，历史长河在此时又一次了停滞了。
