对此，海瑞十分气愤，勒令受献者必须如数退还白夺之田，或者允许被献者赎回。对势力最大的徐阶也不例外。海瑞把有关徐家的诉状封送徐阶，责成他设法解决，最低限度要退田一半。
徐阶于海瑞有救命之恩。在徐阶任首辅期间，海瑞因上书骂嘉靖皇帝而被系狱中，刑部主张判处绞刑，是徐阶将此事压置。尽管如此，海瑞还是强迫徐阶退田，并且逮捕了他的弟弟徐涉。海瑞这种秉公执法、不徇私情的做法大大地增加了他的威信。
海瑞的第二把火是整顿吏治。江南的不法官吏往往与当地豪绅串通一气，贪赃枉法，敲榨勒索，谋财害命，成为百姓的一大祸害。据此，海瑞严令当地官员，“禁迎送、禁请托、禁请客送礼、禁苛派银粮包揽侵欺、禁假公济私、禁苛派差役、禁官吏敷衍塞责、禁私役民壮、禁滥取民财民物、禁差遣人役骚扰乡里、禁官吏奸利侵吞、禁贿赂书吏、正军法、革募兵、定抚按出使车马”。史载，“郡邑吏凛凛竞饬，若非往日人。赇者则望风解印绶去，权豪势宦，敛手屏息，至移他省避之”。
海瑞的第三把火是兴修水利。江南河流众多，湖泊交错，但由于长期水利失修，河道涸塞为陆，农业生产受到严重破坏。一遇暴雨则泛滥成灾，广大农民衣食无着，纷纷背井离乡。对此，海瑞提出用“以工代赈”(即按工给银、救济饥民)的办法，一面赈济救灾，一面修复水利，从根本上治理了江南水患。“吴民永赖，乐利无穷。公之开河之功，创三吴所未有也”。就连当地竭力反对海瑞的官绅们也不得不承认他的功劳。根除水患，是海瑞在应天巡抚任上最有成效的政绩。
此外，针对江南官户多、优免户多，转嫁赋役十分严重的现象，海瑞在推行“一条鞭法”时，尤其注意均平赋役，减轻农民负担。同时，认真严治刁讼，平反冤狱。时人评曰：海瑞抚江南，“而天下财赋之原，肃然一清”。
