专属经济区还关系到资源管辖权和航海自由权等问题。2009年，美国海军“无瑕”号测量船在我海南岛以南海域实施测量作业并与我渔船发生冲撞，就是对我海洋权益的一种侵犯。所以，日本如果在东海实施反潜搜索作业，很有可能侵犯我国专属经济区管辖权，应从外交及军事上强硬应对。如果不进行有礼有节，毅然决然的抗争，国家利益必定受损。
日本在东海反潜必然会争取美军支持，与美军步调一致地提出，东海军事活动属“公海航行自由”范畴，与专属经济区问题无关。要么在日方单独划定的“中间线”东侧活动，要么在冲绳以西中深度海域反潜，总之，从日本海上自卫队成立以来，日方在东海的军事活动就没消停过。东海的军事活动与国家利益息息相关，且政治敏感度高。所以，各国在东海的反潜作业，不同程度都受政治因素的影响，这就是东海反潜的政治特性。
日本对中国一向保持警惕，日本海上自卫队不会只在东海防范中国。日本媒体和军方曾多次提出，中国部署于南海舰队的潜艇可能会经巴士峡进出太平洋，所以有必要在石垣岛以南海域实施反潜作业。作为海洋国除了充分考虑东海形势外，还要考虑在其他海洋通道的安全，为保证我国家利益提供有力的战略保障。
