围攻两周之后，波斯军队攀爬绝壁，攻入萨迪斯，吕底亚王国灭亡了。克洛伊索斯此时才明白“神谕”的真正含义：他出兵攻打波斯后被摧毁的正是自己的帝国，而骡子则隐喻居鲁士。因为，他是波斯人和玛代人的混血。而还有真正的神谕，是他所不知道的，那就是，这一切都是上帝安排的。居鲁士并没有杀掉克洛伊索斯，而是把他当做一个长者对待，而对他的忠告言听计从。
居鲁士征服吕底亚后西亚还有一个强国---新巴比伦帝国。由于此国太强大了，居鲁士并不着急，而是等待时机。他先是用了6年时间，征服了东伊朗和中亚地区。并且用武力相威胁，使原先与吕底亚结盟的小亚细亚，沿海各希腊城邦向他称臣，但他允许各邦自治。并且，在今塔吉克斯坦境内，修筑了边境要塞居鲁士城。
主前539年他乘巴比伦内部不稳之机，围攻巴比伦城。巴比伦城异常坚固，城外有宽阔的护城河，城墙是用掘护城河时，取出的土烧成的大砖砌成的。砖和砖之间还涂上了沥青，宽厚的城墙呈四方形。所有的城门连同门柱都是用青铜浇筑的。而巴比伦王国又是西亚经济、文化最发达的地方，也是着名的粮仓。只是其民比较文弱怯战。历史上遭到四邻的侵略远多于向外扩展。居鲁士并不急于攻城，而是一面把护城河的水引走使护城河干涸、一面与城里反对国王的祭司和贵族联合。最后，一路大军利用反对派掌握的军队打开城门进城;另一路大军从干涸的护城河河道进城。从而兵不血刃的占领了巴比伦城，杀死了巴比伦的执政者伯沙撒。强大的巴比伦帝国随之灭亡。居鲁士并没有毁城，这一切应验了《圣经·以赛亚书》四十五章1节的预言：我耶和华所膏立的居鲁士，我搀扶他的右手，使列国降服在他面前。我也要放松列王的腰带，使城门在他面前敞开，不得关闭。和《耶利米书》五十一章36节预言说：“我必为你伸冤，为你报仇，我必使巴比伦的海枯竭，使他的泉源干涸”。
进入巴比伦城之后，居鲁士宽待了投降的巴比伦王拿波尺度，打发他离开巴比伦城，并把他流放到卡曼尼亚，在那里拿波尺度渡过了余生。居鲁士决定把首都迁到巴比伦城。并且宣布：“我 居鲁士、宇宙的王、伟大的王、强有力的王、巴比伦的王······世界四方的王······”。
只用了十几年的时间，居鲁士便灭掉了玛代、吕底亚、新巴比伦三大王国，降服了犹大、腓尼基。并把地中海东岸到中亚的广阔地区、众多民族都统一到波斯帝国中。 《圣经·但以理书》七章5节说：“又有一兽如熊，就是第二兽，旁跨而坐，口齿内衔着3根肋骨，有吩咐这兽的说‘起来吞吃多肉’”。就是对这一切的预言。
征服了巴比伦之后，居鲁士又想征服埃及。但是，在征服埃及之前，必须先巩固自己东部的后方。于是，在主前530年，他决定先出兵征讨里海东岸，中亚广阔草原上的马萨革泰人。这个国家由寡居的女王托米丽丝统领。居鲁士的大军扎下营盘，只留下部分军队守卫，自己则带领大部队悄悄后退。马萨革泰女王的儿子率部劫营。杀死留守的波斯军人后，在原地饮宴。居鲁士回兵歼灭了敌军，俘虏了女王之子，王子羞愤自杀。女王派使者去告诉居鲁士：“我凭着马萨革泰人的主人太阳发誓，不管你多么嗜血如渴，我也会叫你把血喝饱的”。
双方大战是居鲁士一生中经历的最残酷的战斗。在弓箭手射完所有的箭之后，两军展开肉搏厮杀。最终，波斯军队几乎全军覆没，居鲁士阵亡了。马萨革泰的女王，找到了居鲁士的尸体，割下他的头颅，放进盛满血的革囊。她以此实践了自己的誓言，让居鲁士‘饱饮鲜血’。
后来，居鲁士的儿子--冈比西斯二世，继承了王位，打败了该部落，运回了其父的尸首。居鲁士的遗体归葬在故都帕萨尔加迪(今伊朗沙尔斯省)。
在所征服的地方，居鲁士严令军队不许扰民，尊重当地的风俗习惯和宗教信仰。他每到一地，就到当地的神庙拜祭，安抚祭司、贵族。在巴比伦城，他和巴比伦的主神玛尔杜克的雕像握手。
他也没有过多的将自己的个人意志和欲望，强加给他们 。他施行宽松的自治政策，被征服地区，除了承认波斯帝国的最高统治权之外，各地旧有的法律和统治机器都被保留了下来。在玛代、吕底亚、巴比伦他们的贵族仍保留原有的特权。
更难能可贵的是，他还把巴比伦国王掳掠来的，做奴隶的各族人民释放，并派部队护送他们回故乡，还在人力、物力、财力等方面支援他们，重建他们的家乡和文明，这其中就有曾被称为：巴比伦之囚的犹太人的先民，并且准许他们重建耶路撒冷的圣殿。在释放犹太人的《通告全国诏书》中，应验了耶和华藉耶利米先知所说的话：“耶和华天上的神，已将天下万国赐给我，又嘱咐我在犹大的耶路撒冷为他建造殿宇。你们中间凡作他子民的，可以上去，愿耶和华他的神与他同在”。
对于居鲁士所做的这一切早就有预言，在《圣经·以赛亚书》四十五章13节说：我凭公义兴起居鲁士，又要修直他一切道路。他必建造我的城，释放我被掳的民，不是为工价，也不是为赏赐。
历史上，一次次的征服，无不伴随着哭声、泣声、坍塌声。征服者盛大喧嚣的背后，是一个个人类文明的消失。居鲁士虽然征服了那么多的国家、那么多的文明，但它们却没有消失，反而发扬光大，而那些本已销声匿迹的文明，又得以重生了。居鲁士大帝的行为，已很难用帝王心术来解释了，与其说他是一个文明的征服者，不如说他是一个文明的崇拜者。他的宽容达到了古代世界的道德顶峰，他是那个时代的奇迹，是一位绝对令人佩服的君主。
200年后，灭亡波斯帝国的亚历山大大帝，从希腊东征到此，不仅没有毁坏他的陵墓，相反还下令加以修葺，居鲁士的陵墓2500年来屹立不倒。
《圣经》中预言的双角的公绵羊就是玛代和波斯王，双角代表玛代和波斯。公山羊就是希腊王亚历山大大帝。
居鲁士赢得了永久的尊敬
