菲律宾外交部3月11日召唤中国驻菲大使馆代办，传达表示抗议的外交照会，抗议中国公务船在仁爱礁海域驱离菲律宾船只，声称中国此举“威胁到菲律宾在国际法之下的权益”。
据菲律宾Rappler新闻网3月11日报道，菲律宾外交部当地时间11日下午发布声明称，“被驱离的菲律宾民用船只是受军方委托，运送轮替人员及补给品，中国的行动对菲律宾依1982年联合国海洋法公约享有的权益，构成明显且迫切的威胁。”
声明还声称，“爱尤银礁是菲律宾大陆棚一部分，因此菲方无需他国批准，对这片区域享有主权及管辖权。”
菲律宾总统府则对仁爱礁驱船事件采取回避态度，仅称将依菲外交部的建议作出响应。
中国外交部发言人秦刚3月10日在例行记者会上说，根据中国海警通报的情况，3月9日，在仁爱礁海域进行例行巡航的中国海警船编队发现两艘装载施工材料、悬挂菲律宾国旗的船舶正在向仁爱礁靠近。中国海警船向两船进行了喊话，两船已于当天下午离开仁爱礁海域。
事实上，中国对包括仁爱礁在内的南沙群岛及附近海域拥有主权是众所周知的。菲律宾一艘船只当年以“故障”为由在中国仁爱礁“坐滩”，中方持续要求菲方拖走该船，但菲方以技术原因为借口一直未履行承诺，此次又试图在仁爱礁进行施工。菲方的行径侵犯了中国领土主权，并明显违反了中国和东盟各国签署的《南海各方行为宣言》，中方不得不作出必要反应。
