在日本海军战前的决战设计中，美日舰队的终极对决应当在日方选定的战区进行，这也是日俄战争经验的遗产。但在美军双线全面进攻的情况下，日方不仅来不及完成预定的飞机增产和船舶征用，而且无法判断究竟哪个方向才是适宜的决战区域。到了1944年6月，美军兵发马里亚纳群岛，大本营突然发现：假如不立即投入现有的海空军兵力迎敌，攻占马里亚纳群岛的美军仅凭陆基B-29轰炸机就可以摧毁日本本土。决战只能在不得已的情况下进行。
发生在马里亚纳群岛附近的“阿号”航母决战(美方称菲律宾海海战)，是太平洋战争中最后一次真正意义上的舰队会战。象征着日本海海战荣光和东乡元帅亡灵的Z字旗，在联合舰队的历史上还是第三次升起。不独如此，“阿号作战”还被视为日本海军30年来精炼的对美“渐减作战”之集大成，具有总决战的意义。经此一役，日本海军丧失3艘大型航母、600余架舰载机，两年来惨淡经营所积聚的反攻力量完全被摧毁。更具历史意义的是，马里亚纳海战的惨败雄辩地证明：即使是在作战计划完善、战术设计合理、握有先发制人优势的情况下，联合舰队残存的装备和人员力量也不足以赢得大规模海上决战的胜利了。对日本帝国和日本海军来说，丧钟真正敲响了!
1945年11月30日，根据第680号敕令，海军省编制被废止。第二天清早，在东京千代田区的霞关，海军省赤炼瓦大楼的门前，“海军省”的牌子被摘下，挂上了“第二复原省”的木牌。到1947年1月1日，当和平的新年曙光时隔15年后再度降临日本列岛上空时，在辽阔的太平洋上已经没有一艘日本军舰了。
