然而东京最终放弃了这种可能性。除去日德两国在战略层面缺乏配合、各自为战，西进战略最大的问题在于：它将彻底背离日本战略规划者奉之为圭臬的“有限战争”路线，把原定用于第二阶段防御作战(迎接美国舰队主力的反击，即使是“渐减邀击作战”，本质上仍是一种攻势防御，它在初期的进攻结束后将立即转入防守)的兵力扩散到印度洋，从而冒丢失第一阶段胜利果实的风险，与德国的协同作战还意味着日方可能丧失战略上的独立性，必须与德国这个陆上力量强大但缺乏足够海上控制力的盟国分享胜利，这是大本营所不能接受的。由于没有全面而完整地经历过第一次世界大战，日方对“总体战”的概念知之甚少，他们所坚持的依然是一种独立而有限的总体战略，这在一场性质、规模和空间方面已经大大更新的世界战争中显然是不够用的，而美苏两个洲级大国恰恰最适于进行后一种类型的战争。
于是，军令部选择了进行“澳北遮断作战”，旨在切断美军和澳大利亚的联系，阻止盟国将澳大利亚发展为反攻太平洋的基地。这一作战在战略上完全有必要，但执行过程依旧过于谨慎：日方本可利用海上力量优势，弃新几内亚大部不取，直接攻占守备空虚的澳洲防御中心莫尔兹比港，但陆军坚持稳扎稳打、步步为营的路线，海军也有异议，于是战机被白白浪费。当日军在1942年5月初慢吞吞地向莫尔兹比港进军时，盟军已做好准备，遂有了珊瑚海的遭遇战。
珊瑚海海战之后，山本决意提前进行决战，以进攻中途岛为契机，诱出美国太平洋舰队剩余兵力加以歼灭。但中途岛作战设计之复杂，此际日军兵力之分散，弊端已很显著：由于在准备中途岛作战的同时依旧朝莫尔兹比港挺近，并且在5月珊瑚海之战中未能获胜，日军白白浪费了机动部队1/3的兵力，无法将其用于中途岛决战。而中途岛之战的布局本身也拉的太开，日军不仅在远隔千里的阿留申群岛发起佯攻，而且主战场的机动部队(南云部队)也要同时执行空袭中途岛和迎战美方航母特混舰队两项任务，然而这是当时只剩下4艘主力航母的南云部队所无法妥善完成的。于是，在1942年6月4日一整天，南云既要攻击中途岛并应付美军陆基飞机的反击，又要时刻注意搜索并攻击状况不明的美军航母;除去美军实现的保密工作和密码破译成效，这种设计上的不完善要算日军战败的最重要原因。
