说到水运，同样是古代运输的重要组成部分。相比陆上的肩挑手扛、车马拖曳，顺水行舟的效能显然更高。春秋时的“舫船”(两船相并而成)已能运送50名士兵和足支3月的口粮，后来秦国工匠更是造出长30米，宽8米，载重达60吨的大海船。为提高航运能力，战国后期至秦汉年间，各诸侯国和中央王朝相继开挖了鸿沟、郑国渠等人工河道。特别是沟通长江和珠江水系的灵渠，一条30多公里长的小河就解决了50万秦军“吃饭难”的问题。而说起开凿河道，人们总会想起那条毁誉参半的大运河。实际上，隋炀帝当时主要考虑的是国家安全，即加强对南方豪族的控制，同时便于向北方前线输送军粮。
元代，海运开始兴盛。至元三十年(公元1293年)，新辟了从刘家港(即后来郑和下西洋的出发地)经莱州湾到直沽的新航线。若遇信风，整个航程只需10天左右，费用却较河运减少40%，仅及陆运的四分之一。海运的粮食也从至元二十七年(公元1290年)的151万石(约9万吨)，增加到了天历二年(公元1329年)的352万石(约21万吨)。正是由于这种巨大优势，有元一代，海运不废。明朝对水运重视程度不减，当时中国造船技术居世界前列，内河漕船可运粮300石(约18 吨)，海船则普遍载重超千石(约60吨)，而同期建造的“武刚车”只能运送7石(约420公斤)粮食。
损耗巨大
看到这里，或许有人会说，古人如此智慧超群，军队补给还有啥不能克服的难题呢?然而，隐藏在上述古代科技成就背后的，却是军队后勤工作的无比艰辛与烦琐。对此，《孙子兵法》曾有过精辟论述：“驰车千驷，革车千乘，带甲十万，千里馈粮，则内外之费，宾客之用，胶漆之材，车甲之奉，日费千金，然后十万之师举矣。”限于时代背景，兵圣所言不过是一场行军距离不超过500公里的诸侯争霸战，且作战地域大都在水陆交通发达的中原、江淮地区。而中国历史上，动辄出兵几十万、转战数千里的大规模边塞战争又岂能胜数?其他军需物资暂且不论，单粮食一项所产生的巨大损耗，就足可拖垮一个强盛的王朝。
兵马未动，粮草先行。以秦军北击匈奴的河套之战为例，为保证前线将士吃饱肚子，秦朝各级官府可谓拼尽全力，但好不容易征来的军粮中，每30石也只有1石能运抵前线，其余9成多粮食几乎都被押运队伍吃光!然而，就是靠这样低效的运输，以步兵为主的秦军却取得了“胡不敢南下放牧，士不敢弯弓抱怨”的辉煌战果，令后人至今叹为奇迹。
