蒙方对历史的敏感态度和强烈反应引起了中国的警觉，此后，我国的正式出版物中提法和地图等材料都尽量小心谨慎。世界知识出版社的“各国概况”系列丛书每年都重修出版，“蒙古原为中国的一部分”这句话，到了上世纪****十年代已经从蒙古分册中悄然去掉。
1921年，中共中央机关报《向导》周刊曾发表署名文章，赞成外蒙古独立。1945年《解放日报》时评，对外蒙古就独立举行公民投票还表示过祝贺。到了上世纪50年代刚建交时，蒙古甚至把前苏联叫做父亲，称中国为母亲。但18至19世纪清朝对蒙古采取分而治之的政策，保留其落后的自然经济，并任由军阀入蒙、商人盘剥，这让蒙古人至今对这段历史记忆犹新，“耿耿于怀”。
这种“冷而不断”的关系一直持续到前苏联开始政治改革。受大环境影响，中蒙关系也跟着“回暖”。集会场所，蒙方也不再指名****。前苏共总书记戈尔巴乔夫发表海参崴讲话后，中苏关系出现转机。不久，1987年中，彼时人大副委员长彭冲率中国人大代表团访问蒙古，中蒙关系走向正常化。
不过，国际蒙学家大会每年都会邀请中国专家，但中方只参加文学语言艺术等部分，“涉及历史问题一概回避”。2006年，蒙古国政府举行纪念“大蒙古国”建国800周年活动，原本希望更高层级的官员参加，但中国经过慎重考虑，只派了一个政协副主席前往，“说声祝贺就完了”，“具体什么都不谈”。
