斐迪南严格禁止抢劫，第一个行动就是清除城内的死尸和垃圾，然后在最主要的伊斯兰教清真寺中举行大弥撒。最后他宣布毁灭这个城市。所有基督教叛徒都被处决，所有犹太叛徒都被烧死，其余人口都被卖为奴隶。其中三分之一被转运到非洲以交换同等数目的基督教俘虏;三分之一被出卖，其所得作为战费的贴补，其余三分之一则当作礼品分送--教皇分得一百名经过挑选的摩尔兵，那不勒斯王后分得五十名摩尔美女，葡萄牙王后也分得三十名。
马拉加被攻占次日，吉贝尔法罗要塞也投降了，斐迪南对自己的成功感到十分欣慰，不久他就领兵返回科尔多瓦，解散过冬。
马拉加的陷落使格拉纳达的被征服成为定局，因为这是一个主要港口，格拉纳达的补给和增援大部分都必须经过这里。为了完全切断摩尔王国与非洲之间的联系，一四八八年六月，斐迪南又开始进攻阿美利亚，用突击手段攻下，就先撤到杰恩，然后在一四八九年五月底，他又率领一万五千名骑兵和八万步兵去围攻巴扎。为了构筑一条连续的对垒线，六千工兵花了两个月时间。这次围攻的时间很长，当秋天到来时，斐迪南并不撤退过冬，而命令建筑茅舍式营房。因为伊莎贝拉主持的后勤工作非常良好，所以尽管瘟疫流行，西班牙部队却未受影响。力竭援尽之后，十二月四日巴扎投降了，斐迪南又表现出宽大态度，条件为所有佣兵允许保持其战争荣誉，有秩序的离去，其余居民可以自由留住城区或任意离去。
巴扎陷落之后，阿卜杜拉立即决定投降，交出全部领土，包括阿美利亚和瓜迪克斯。斐迪南立即占领了阿美利亚。根据推测，阿布尔·哈桑在几年之前即已为阿卜杜拉刺杀。现在斐迪南准备让阿卜杜拉仍然做傀儡国王，但他拒绝了，宁愿回到非洲，不久忧愤而死。
阿布尔·哈桑既已失踪，阿卜杜拉也已降服，所以斐迪南的最后一着就是占领格拉纳达。他派使节去要求博阿布迪尔投降。也许是博阿布迪尔不愿意，更可能是他已丧失自由，因为此时格拉纳达城已为败军残部占踞。他们决定坚守该城，因为战争是他们唯一的饭碗，而这个城的设防又极其坚固。
格拉纳达建筑在内华达山脚下，位于两座丘陵之上，下面流过两条小河--吉尼尔河和达罗河。小山顶上有两个要塞，称为阿尔罕布拉和阿尔拜辛。全城有城墙环绕，上面有许多碉楼，在阿尔罕布拉要塞和城墙外，延伸着一大片平原，充满了果园和麦田，由吉尼尔河灌溉。此时人口据说有二十万人之多，可能相当夸大。
