然而菲律宾不时以“位于200海里专属经济区内”为由对我在半月礁的活动进行骚扰。1995年3月，菲律宾军队出面破坏中国在半月礁以及附近五方礁等岛礁上的中国石碑。香港《明报》月刊1995年曾报道，在当年的美济礁事件中，菲方甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留船上62名渔民。
作为在南海与中国岛礁争端最激烈的国家之一，菲律宾多次骚扰甚至试图抓扣中国渔民。2012年4月爆发的“中菲黄岩岛对峙事件”就是由此引起的。当时，12艘中国渔船在黄岩岛潟湖内正常作业时，被一艘菲律宾军舰干扰，菲军舰企图抓扣被堵在潟湖内的中国渔民，被赶来的2艘中国海监船阻止。随后，中国渔政船赶往黄岩岛海域维权，菲方亦派多艘舰船增援，双方对峙持续多日。
