临危受命的国防部长兼军委主席
苏维埃政权建立之初，艰苦卓绝，人心骚动。人民精疲力竭，经济彻底破坏，生活濒于绝望，一切土崩瓦解。没有粮食，没有军队，铁路完全瘫痪，国家机器艰难运转，此外，到处有敌人的阴谋破坏暗杀活动，被推翻的沙俄旧军人正在将军们的鼓动下蠢蠢欲动，妄图卷土重来，内战即将爆发。
苏维埃政权建立军队迫在眉睫。关于担任军事领导的人选，列宁马上想到了托洛茨基，这得到了苏维埃政府主席斯维尔德洛夫的支持。托洛茨基本想推辞，可是列宁反问道：“那么你推举一个人，请说吧!”托洛茨基不再推托，出任军事人民委员(国防部长)和革命最高军事委员会主席(军委主席)。
托洛茨基上任后，列宁给他的第一个任务，就是从无到有，迅速建立出一支人民的军队来。
当时的问题十分严重：没有兵源，没有军官，没有纪律，没有制度。托洛茨基比谁都清楚，不摆脱以前形成的宣传，不从无政府主义中走出来，就不可能有自己的军队，就不可能有战斗力。
因此，他采取的第一项措施，就是重塑纪律。
1918年通过《关于组织红军》的决议后，托洛茨基颁发了一系列的条令：内务条令、卫戊条令、夜战条令、纪律条令，并恢复军事法庭的死刑。
托洛茨基命令：“凡策动退却的，格杀勿论，凡临阵逃脱的，一律枪毙”。他担任军事人民委员不久，就判处了海军司令夏斯特尼的死刑，大大地震慑了那些动摇观望的军官。
第二项措施，在组织建制上，他大胆改革，雇用旧军官。
