王梦恕院士对此却持迥异观点。他认为，“最好不要院士推荐”。原因是，院士推荐可能带来近亲繁殖，一些人会倾向于推荐本单位的候选人。在他看来，虽然各地、各部委推荐候选人也有问题，但是跟院士推荐不同，起码过程中还要组织几次讨论。
他的建议是，候选人可由各个学会推荐，再到中国科协来竞争。这些学会相对“比较超脱”。
去年，农工党中央的政协提案中，建议取消归口初选部门与省市推荐方式，完全由各学会负责推荐院士候选人。
2013年公布的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，提出要“改革院士遴选和管理体制”。科学院和工程院分别征求过意见。王梦恕给他所在的工程院提交了一份书面意见，建议取消工程管理学部——在工程院各个学部中，该学部最为人诟病的是，一些院士同时是官员。2000年工程管理学部设立时，就有不少院士担心它变成“官员和企业家的俱乐部”。
他还主张，工程院评选院士时，专业设置要合理，不要“太杂、太俗”。比如环境与轻纺工程学部的谢剑平院士，出自烟草专业，当选之后争议不断。谢剑平的老师、已故的朱尊权院士，也是烟草生产与加工技术专家。此外，工程院还有“调料院士”。
王梦恕对记者说，据他所知，谢剑平院士的工作很扎实、品德也很好，“烟草院士”引起争议，背后是学部专业设置的问题。应在国家更为重要的学科领域遴选院士，而现在的学科太多、太杂。
“我自己的感觉，总体来说院士制度是个好制度，包括遴选过程是好的。”周其凤指出，除了客观的学术、道德等标准之外，院士评选难免有人的因素起作用。比如，一位院士与候选人有很大的矛盾，就可能会极力反对，但这不是制度的问题，任何制度都无法去除人为因素。
