就此而言，他不仅打下天京，而且暗胜朝廷。朝廷虽然还是朝廷，可天下已悄然转移，不知不觉地都落在湘军手里。三个英雄一台戏，人欲纵横捭阖，从此收复汉人国权，自是天理。
他虽自损自抑，给足了朝廷面子，但他还是保留了湘军的底子。他将曾国荃五万人的军队裁了一半，留一万人防守金陵，留一万五千人以为皖南游击之师。其余，如鲍超军和彭玉麟长江水师，都原封不动保留下来。然后，他就向朝廷呼吁，要拿钱来，解决多年来累积的欠饷问题。
咨湖北、湖南督抚，筹拨撤勇欠饷;还札委钱鼎铭、丁日昌等，办上海捐输，分拨松、沪厘金，以济军饷;李鸿章派人解到上海协饷银十七万两，支发江、皖各路湘军欠饷。
李鸿章来金陵，与他商定，曾退而李进，裁湘勇而用淮军。于是，奏遵旨驰赴皖鄂交界督兵剿贼一折，称：臣用兵十载，未尝亲临前敌，自揣临阵指挥，非臣所长。现湘勇已撤，檄调淮勇两军随臣西上，更资得力。他自称，长于治军，拙于用兵;长于战略，拙于临阵;长于谋饷，拙于牟利。
然此“拙”者，乃用“拙”也，其所谓“拙于用兵”，乃以“拙”用兵，此为道家言，“大巧若拙”之谓，以儒家言，则为“诚”，李鸿章办外交，曾氏教其一“诚”字，亦用“拙”也。
起初，朝廷用僧格林沁来平捻，不料，僧遇伏而死，朝廷只好请他出山。他作为钦差大臣统领淮军，可淮军却暗中听命于李鸿章，人欲难以调遣。这也难怪，朝廷如此待他，天下谁人不知?先皇曾言，打下金陵者，可封郡王。可朝廷食言，不但没有封王，反而给他小鞋穿，还逼着他裁军。如此朝廷，天理何在，岂能轻信?
朝廷目光短浅，好用小计，失信于人，自乱其制，播下了亡国的种子。
