迟来的觉醒后即是庚子之变
但即便这样，晚清的军事教育也并非一无是处。虽然各个海军学堂培养出来的军事毕业生总共不过数千人，但是后来却成为中国早期海军的中坚力量。早在1884年的中法马江海战中，福州船政学堂的学生就表现出了现代军人的英勇不惧与训练有素。在甲午海战中，官兵在攻击和救援方面也表现出了前所未有的素质。在甲午陆战中，军事学堂毕业的学生们也灵活运用了现代战术，进行了非常有效的战斗。
正是这些学生在战斗中突出的表现，使晚清的军事教育在战后停止了几年之后，又重新开启。虽然甲午战后，作为战败的替罪羊去签订条约的李鸿章被解除了直隶总督兼北洋大臣职务，投置闲散，让人扼腕，但是紧接着接替北洋大臣位置的王文韶却并没有让人失望。王以“黄海为京师门户，不可无海军”，向清政府提出了重建海军的方案。虽然经费窘迫，但是王提出先恢复旧有的学堂，“简选训习”，等财力充裕后，再行扩充。此时吃了海战大亏的清政府也应允了。
于是，1897年冬，南洋大臣刘坤一将因经费困难而被江南水师学堂财经的专业进行恢复，重新招生。福州船政学堂也加聘外籍教员，扩大招生，同时加购了德国的巡洋舰。1898年和1899年福州船政学堂又购买了6艘军舰。这些从牙缝里挤出来的装备，成为清廷恢复军事教育的基础，更成为重建北洋水师的基础。然而，这一切很快又毁于1900年的八国联军侵华，——刚重建的北洋海军主要教育基地天津水师学堂被摧为齑粉，刚买来的鱼雷艇也被联军占有。
次年七月，清政府便不得不签订《辛丑条约》，这一次，慈禧太后又想起了做惯了替罪羊，且早被罢免的李鸿章。这个本来已经远离朝政，戊戌变法时暗中给予支持的枯槁老人，在疾病与耻辱中为清廷收拾了残局。两个月后，在无限的悲愤与无奈中去世，晚清坎坷而辛酸的军事教育也就此告一段落。
