国防科委静坐和围困中南海两件事，使韩爱晶有了在红卫兵中一呼百应的形象，他和他领导的红旗战斗队已经在首都形成一定影响。但是，韩爱晶考虑，红旗战斗队决不能局限于北航之内，也不能只限于北京，必须把影响扩大到全国各地，而且不能限于高校内。只有扩大了红旗战斗队在全国的影响，自己在全国红卫兵中的领袖地位才能保持稳固。为此，他以红旗战斗队的名义，借大串连之机，先后派出数百人，以“红旗战斗队调查组”、“红旗战斗队联络站”等名义分赴全国各地。平心而论，他们赴全国各地，也并不完全是自己主动要去的，许多情况下，是那里的造反组织在造反过程中遇到了阻力，便想得到已经有很大实力、很大影响，受到“中央文革”支持的红旗战斗队的支持，主动到北京来请他们去当地支持他们造反的。有一些则是在串连时，到北航去见了韩爱晶后，请他们派人到当地去介绍经验的。这些造反组织串连起来，在全国形成联系的网络，兴风作浪，危害极大。仅以韩爱晶领导的红旗战斗队来说，他们就在短时间内，插手全国大部分省市自治区的“文革”运动，左右了35个重要单位的政局。尤其严重的是，韩爱晶还在“中央文革”的授意下，一心要插手部队的运动。他和几个骨干商议后，在红旗战斗队里成立了专门对付部队的“全国动态组”。1967年4月，北航红旗战斗队的“全国动态组”派人赴武汉调查、搜集、整理了上百页关于当地部队领导的黑材料，交给当时的“文革小组”成员王力，为王力一伙诬陷武汉军区，制造震动全国的特大冤案提供了炮弹。
在“中央文革”的授意和支持下，韩爱晶等人把斗争矛头指向军队和地方一大批老革命家，铸成一个个劣迹。他率人诬陷和企图打倒徐向前，绑架、迫害了张平化、叶飞、徐海东等人。同时，他们在北航院内设立了名为“隔离室”的监狱18处，先后立案审查了465人，其中170人受到非法关押，造成20余人非正常死亡。
揪斗彭德怀
韩爱晶在“文革”中干得最恶劣的一件事，是揪斗彭德怀。“文革”开始后，红卫兵也好，造反派也好，当时主要是把眼睛盯在中央的一些高级领导干部身上，特别是要集中力量，打倒刘少奇、邓小平。当时彭德怀任西南局建委第三副主任，正在西南地区指挥三线建设，按理说，他不应是红卫兵要揪斗的主要对象。但不知怎么回事，韩爱晶却想到了彭德怀，他提出要把彭德怀揪回北京，还专门派了一个揪彭战斗队赴西南把彭德怀押回北京。揪回彭德怀后，韩爱晶立即组织人对彭进行审问、逼供。韩爱晶没有想到，他们揪回彭德怀这件事，让周恩来知道了。周恩来立即让身边工作人员向北京卫戍区领导转达他的五项指示：“不准打，不准搞‘喷气式’、不准挂牌子、不准游斗、不准开万人以上斗争大会。”北京卫戍区的同志立即找到韩爱晶，向他转达了周恩来的指示。可是，韩爱晶倚仗有“中央文革”撑腰，根本不把这五项指示放在心上。1967年7月9日，在北航的一间教室里，韩爱晶写下了自己历史上最肮脏的一笔。这一天，在韩爱晶主持下，召开了一个小型“审斗会”，审斗功勋卓着的彭德怀元帅。韩爱晶在审斗之前，就告诉他手下的人，此次审斗彭德怀要“刺刀见红”，一定要让彭交待自己的“罪行”。会前，北京卫戍区的同志再次向韩爱晶宣布了周总理的五项指示，可韩爱晶却声称“周总理的指示已经过时”。在审斗时，韩爱晶大模大样地坐在这间教室中的一张桌子前，两边分列红旗战斗队的骨干分子，把彭德怀推进教室后，让彭立在中间。韩爱晶首先开口，要彭德怀交待“在抗日战争时期干了哪些坏事”，“为什么要打百团大战”，还要求彭德怀交待在1959年庐山会议上为什么要反对毛主席，为什么里通外国。彭德怀向他们讲述了历史真相，驳斥了韩爱晶等人的指责。当韩爱晶等人无理地给彭德怀扣帽子时，彭德怀大义凛然，义正词严地拒绝了韩爱晶的责问。韩爱晶恼羞成怒，带头对彭老总进行逼供和殴打。他们逼迫彭老总在写着“反对毛主席”罪名的纸条上签字并写“认罪书”，刚直不阿的彭总再次据理驳斥、拒绝签字。韩爱晶更加恼羞成怒，先后7次将彭总打倒在地。使彭总前额被打破，左右两侧第五和第十肋骨骨折，肺部受内伤。一个星期后，北航造反组织又召开了上万人的“批斗大会”，不顾彭总的严重伤病，会上对彭总搞“喷气式”，会后又挂牌游斗，并再次毒打彭老总，连陪斗的张闻天同志头部也被打成血肿。