一开始，韩爱晶就把攻击的矛头指向了学校领导和校党委。他带头贴大字报，给校领导和党委提意见。这些意见并不是鸡毛蒜皮的小事，都涉及政治方向甚至路线问题，学校方面自然十分重视。他们认为，以韩爱晶为代表的一些学生提的意见并不对，于是，对韩爱晶等人开展批评，可是韩爱晶等并不接受，相反，提的意见更多了，大字报也贴到了校办公大楼。北京航空学院的教师和学生立即分成两派，一派支持韩爱晶等人，一派支持校党委，两派之间展开了辩论，学校的正常教学秩序被打乱了。
在此情况下，按中央要求，教育部和北京市委向航空学院派出了工作组。韩爱晶满以为工作组会支持自己，没有想到，工作组既批评了校党委领导，也批评了韩爱晶等人。韩爱晶被孤立起来。他自己想到，可能会被打成反革命分子，思想上极度苦闷。没有想到，情况发生了变化。毛泽东于1966年7月提出：工作组阻碍运动，要撤销工作组。毛泽东此言一出，工作组立即处于被动地位，成了学生们批判的对象，工作组成员在短时间内撤离了北京航空学院，工作组组长也被揪斗。
因为韩爱晶是与工作组对立的，工作组一垮，他也翻了身，重新活跃起来。他到处演讲，揭发工作组对自己的迫害，同时继续揭发校党委的路线问题。他在演讲中也谈自己对“文化大革命”的态度，时常背诵几段毛主席的话。他的口才较好，煽动能力强，加上当时的政治气候，一时间得到不少学生的拥护。韩爱晶趁热打铁，拉了几个学生骨干，经过一番酝酿，成立了一个造反组织一一红旗战斗队。参加这个组织的有三千多人，大家推举韩爱晶当司令。韩爱晶想了想说：不要叫司令，我们都是服务员，我就叫总服务员吧。大家一听，都说好，这件事就定下来了。第二天，在韩爱晶的带领下，在北京航空学院召开了红旗战斗队成立大会，韩爱晶在发言中表示了要同修正主义斗争到底的决心。会后，还搞了示威游行。此后，红旗战斗队在“文革”初期一直左右着北京航空学院，而且在北京市和全国各地都很活跃。
当时，因具体的政见不同，成立先后不同，能够左右首都造反派政局，并对其他造反组织产生重要影响的造反红卫兵分为“天派”和“地派”。韩爱晶领导的红旗战斗队属于“天派”，并且是“天派”的核心组织，由此也确立了韩爱晶的红卫兵领袖地位。当时，他是红卫兵五大领袖之一，名字排在聂元梓、蒯大富、谭厚兰之下，列王大宾之前。
