岛内“总统府”遭冲撞，在外出访的马英九也遭受质疑，他的专机先是穿越了大陆东海防空识别区，后又破天荒地在圣多美机场上空盘旋20分钟才降落。
据台湾《自由时报》26日报道，马英九出访的第一站是圣多美和普林西比，专机启程后经由北方航线，穿越俄罗斯领空飞往德国法兰克福中停。之前“总统府”人士曾宣称，专机会往东偏绕过大陆划设的东海防空识别区，“结果这架华航专机，最后被媒体发现仍是循一般例行航班路线飞行，穿越了中共东海防空识别区，并未特别绕路”。绿营质疑称，“从不穿越到穿越，马政府在隐藏什么?穿越中国防空识别区，被中国定位‘商务专机’的马总统元首专机，事前到底有没有知会中国并通报中方航管单位?”
此外，马英九专机在圣多美机场上空盘旋也引发猜测。《联合晚报》26日报道称，在马英九专机降落前5分钟，机长忽然广播说“因为圣国总统平托迟到，总统专机必须在上空盘旋，等待平托总统赶到”。访问团一阵错愕，只能在机上干等。专机20分钟后降落，但平托仍未赶到，马一行又在专机上多等了30分钟，军礼欢迎仪式比预定时间延后50分钟。文章还说，台湾媒体就此事询问平托时，对方手中的手帕一度滑落地上。他解释称，圣国被美国有线电视新闻网评为2014十大梦幻景点，风景很美，“让马总统在空中多停留一下，可以多看一下美景”。《自由时报》称，前年马英九本来要造访圣国，怎知圣国突然告知平托也要出访，请马下次再来，“这次无论就外交礼仪和总统专机的飞行安危控管，都是马任内史无前例不可思议的事”。文章还说，“友邦”狮子大开口情形从未停止，此次洪都拉斯新总统还未就职，就传出向台湾开口要1亿美元，“如果马要花1亿美金参加一个洪国新总统就职大典，又是一个国际外交的大笑话”。
“外交前线”不消停，后方也频频失火。《中国时报》称，国民党台北市长热门人选连胜文接连遭爆料，党内传出是“阴谋论”并指向马英九。马英九25日回应称，“我不会在初选之前从事什么阴谋，这不应该做，也不是我个人的风格。各位认识我不止一天，我从来不做这样的事情”。
