对于英国海军将领而言，在西班牙舰队驶出之前的几个月当中，他们所遭遇到的极大的困难却是伊丽莎白本人。这个女人虽然具有很坚强的性格，可是在英国的历代君主中，她也许要算是最吝啬的一个。况且她也真的害怕西班牙，这并非没有理由，因为西班牙在当时，本是世界上最强大的陆军和海军国家。她一直都只想和平，可是她却不了解，只要她仍然鼓励私掠的行为，和支援日德兰的叛乱，那么和平就将永无可能性。
到了秋季，一个小型的英国海军支队，在巴尔麦爵士(Sir Henry Palmer)的统率之下，与一个荷兰的支队联合到一起，一共只有九十艘小船(只适于内河与浅海使用)，开始封锁佛兰德的港口;但是直到11月27日，英国女王才召集了一个战争会议，讨论下述的问题：可能的登陆地点，陆上兵力的使用，所使用的兵器，和国内的安全。12月21日，她任命霍华德勋爵(Lord Howard of Effingham)为“陆军中将、总司令、海上舰队和陆军的总管”。尽管德雷克在她的海军将领中是能力最强的一个，但她却宁愿选择霍华德，这不仅是为了提高其舰队的威望，而且也是因为霍华德的地位较高，容易获得部下的服从。德雷克后来被任命为海军中将，在技术方面做霍华德的顾问。关于霍华德，托马斯·富勒(Thomas Fuller)曾这样评价：“诚然，他并非一个内行的海员，但是他却知人善任，而且从善如流。”
自卡地兹和里斯本回来之后，德雷克就一直要求再作他那种冒险的突袭--在出发港口内攻击西班牙舰队。假使当时他真获得了准许，去再作一次这样的攻击，那么西班牙舰队可能将永远都不能出海了。最后，在霍华德已受命为统帅的第三天，他才奉命率领三十艘船只向西班牙海岸进袭。然后接着，女王又害怕触怒西班牙人，收回了这个命令，并将舰队的员额减少了一半。这种犹豫不决的态度，使得霍金斯在1588年2月15日，曾经上书华尔新汉，表示严重的抗议。
他说：“我们必须有所选择，是接受一个不光荣和不可靠的和平?还是决心一战，以求得一个安静的和平?照我看，最可靠和最有利的途径，就是决心一战，这也是全国人民的公意。”
霍金斯的意见，正与德雷克一样，认为攻击即为最可靠的防御。但当他这封信发出后不久，英国女王又获得了克鲁兹侯爵逝世的消息。于是她相信西班牙舰队现在又出发不成了，而且她也认为帕尔马公爵正处在困难之中(注：大约一个月后，帕尔马曾报告腓力说，他的三万人中，只剩下一万七千人的有效兵力了)，所以她就陷入了后者所布置的和平陷阱，并派遣和谈代表团前往日德兰。关于这一点，霍华德在3月10日，也向华尔新汉提出警告，说请女王小心，不要陷入敌人的圈套。此时，也不断地有情报传来，说西班牙的舰队马上就要出海了。
假使伊丽莎白在天性上不是那样倾向于外交，则她应该能认清帕尔马的建议其实是一个诡计，战争是绝对不可避免的，因为腓力相信他自己是在替天行道。他认为这是十字军的行动，其目的是要把英格兰再收入天主教的怀抱。每一天，五万个教堂中都在做弥撒，腓力的海军船只，都是以宗教圣哲命名的;他们的乘员禁止发誓、争吵、赌博和与不正当妇女交游。船上都挂着帝国的旗帜，上面绣有基督和圣母的神像。
腓力对梅迪纳下达了下述命令：“当你接到我的命令之后，就应率领全部舰队出海，直向英吉利海峡进发，一直驶到马格特点(Margate)为止。然后再与帕尔马公爵取得联络，并保护他渡海。”他又警告他应该避免与英国舰队接触，并且说假使德雷克在海峡中出现，那么除了后卫行动以外，应该对他不予理会。他也给梅迪纳一个密封命令，那是留交给帕尔马的，告诉他假使这个远征失败了，他应该采取何种行动。
腓力交给梅迪纳指挥的舰队一共有船只130艘：20艘四桅大帆船，44艘武装商船，23艘圆形船，22艘差船，13艘轻快帆船(Pinnaces)，4艘中型帆船和4艘长船(注：其中实际可用的战船数字在六七十艘之间)。这些船只的总吨位为57,868吨，火炮总计为2431门，驾驶的海员为8050人，所载陆军为18,973人。加上划船的奴隶和其他人员，共计60,493人。
全部舰队分为十个支队，其番号如次：
(一)葡萄牙支队，由梅迪纳·西多尼亚公爵指挥，10艘四桅船和2艘轻快船。
(二)卡斯提尔支队，由瓦尔德兹(Diego Fbores de Valdez)指挥，10艘四桅船，4艘武装商船和2艘轻快船(注：伐尔德兹本人与梅迪纳在一起，同乘他的旗舰“圣马丁”(San Martin)号)。
