特种部队成立目的原本就是要进行敌后作战，因此行事神秘不在话下，名义上特种部队虽然是属于陆军总部管辖，但很多任务都是由国防部特种情报室或情报局直接指挥，甚至与美国中央情报局(即西方公司)合作，又有一种说法是归神秘的'316指挥部'运用，但当时特种部队真正的幕后大老板应是蒋经国。1960年4月，当时任国防会议副秘书长的蒋经国就曾邀请驻台美军协防司令史慕德将军前往中部某地参观特种部队(可能是雾社，当时特种部队常驻一个中队，演习时可能增至一个大队兵力)，以争取协助空投特战部队到大陆打游击，不过美方终究没有同意。
当时台湾特种部队编组，不论型态及员额等方面，与一般陆军野战部队有极大的差异。'特种部队'编组型态，以总队为单位，总队之下，再区分为团作战分遣队(又称为大队，其中又区分为作战大队、突击大队、侦查大队等)，营作战分遣队(又称为中队)，连作战分遣队(又称为分队)等4种编组层级。
其中又以连分遣队(分队)为主干，每一连分遣队(分队)的编组人数，系以任务需要而定，队员人数最多仅有十余人，由具有各种兵科专长的队员组合而成，下分支援组、爆破组、火力组和突击组，每组3人。除个人已具备原有兵科专长外，在分遣队组合完成之后，还必须进一步学习其它兵科的专门知识，使每位队员均能成为全方位的通才，以因应诡谲多变的战况。
特种部队下的4个总队，每一总队主要任务皆不同，总队下各个作战大队编组是以地区任务为主，因此所属各中队军、士官都以同一省份为原则，例如某中队任务地区为湖南，该中队所有军、士官全是湖南人，一旦日后空降到任务区内，马上可以融入当地，对进行游击战有很大的助益。另外各总队还有自已的作战专长，如敌后作战、空降突击、游击战等。大队的任务更明确，分为作战、情报、突击和侦察等。
