端纳的失踪并非如戴笠所说
然而，端纳并未回国，而是在香港的一家饭店暂住下来，不久又到太平洋塔西堤岛。1941年12月7日，珍珠港事件爆发，端纳急忙乘一艘美国邮轮返航。这时战争已进入高潮，船长对他说：“端纳先生，我们恐怕难以回祖国去了。”于是他们就近进入菲律宾的马尼拉暂住下来。他们万万没有料到，刚出虎口，又入狼穴。这里早被日本人占领，所有的白种人都是日本人的打击对象，他们都被关进了洛斯已偌斯集中营，船长和端纳也在劫难逃。
直到1945年2月，通过美国船长的努力，加上盟军海军情报系统的证实，蒋介石方知端纳并不是日本间谍，于是幡然大悟，马上请求麦克阿瑟采取特别行动。2月23日清晨，集中营的“囚犯”们还未排好队，几架美机从天而降，全副武装的美国伞兵包围了集中营，救出了船长和端纳，并将他俩送到珍珠港海军医疗中心治疗。
日本投降后，蒋介石亲笔签署了一份电报送到端纳手中，欢迎他回到中国。鉴于与蒋介石感情较深，端纳答应了对方的要求。蒋介石派出专机迎接。当飞机在上海江湾降落时，宋美龄、孔祥熙等早已在机场等候，他们将端纳安排到宏恩医院治病。端纳经确诊患晚期肺癌。蒋介石多次去医院探望，几次向他表示歉意。端纳死后，经蒋介石批准，葬于宋子文拨出的宋氏坟地。
据说端纳被误认为是日本间谍之事的真相大白后，戴笠在蒋介石的心中位置大为降低。
