1999年8月27日，公安部再次出具了《物证鉴定书》：廖海军家西屋提取的血痕的基因与被害人的基因不同，而与廖海军母亲黄玉秀基因相同。木板上、墙皮上的血痕基因相同，与被害人的不同，但与廖海军父亲廖友的基因相同。
两次的鉴定报告均明确表述：当地警方认定的杀人现场没有被害人的血迹。
三次送检不排除混有被害人血液
警方认定了犯罪嫌疑人，并且取得了嫌疑人“供认不讳”的笔录，但这一切又都被公安部的两次DNA鉴定给推翻了。
2000年12月19日，迁西警方再次送检了从现场提取到的血迹，但这次并不是送到一百多公里外的公安部，而是送到一千多公里外的上海市公安局。
2000年12月29日，上海市公安局出具了《DNA检验报告》：送检样本显示较强的等位基因与嫌疑人黄玉秀的等位基因相同，其中显示较弱的等位基因与被害人的等位基因相同，不能排除该血迹中混有被害人的血液。
这一次，这份案发近两年后所做的DNA检验报告，成了认定廖海军全家犯罪的直接证据。
同样成为该案证据的，还有迁西警方于案发一年之后送到辽宁省公安厅的一份物证：警方称是从捆绑尸体所用的绳索上找到的两根毛发。
2000年1月26日，辽宁省公安厅出具了《刑事技术鉴定书》，结论是：送检的毛发为廖海军的父亲廖友的。
