生态环境保护投入进一步加大。2013年全国财政节能环保投入3,383亿元，同比增长14.2%。制定实施《国家环境监管能力建设“十二五”规划》。开展水质较好湖泊生态环境保护试点，中央投入资金16亿元。国务院审议通过了《水质较好湖泊生态环境保护总体规划(2013年-2020年)》。国家重点生态功能区转移支付资金达423亿元，范围扩大到492个县。中央财政投入25亿元用于重金属污染治理，首批投入50亿元大气污染防治专项资金支持北京、天津、河北、山西、山东、内蒙古等六省(区、市)治理大气污染，投入60亿元专项资金支持农村环境综合整治。
环境保护措施进一步加强。2013年,全国新建国家级自然保护区21处，已有海南、黑龙江、安徽等16个省(区)开展生态省(区)建设，1,000多个市(县)开展生态市(县)建设，建成国家级生态市(县)55个、国家级生态乡镇2,986个。在全国46个城市(区)启动水生态文明城市建设。全国城市园林绿地面积达到2,367,842公顷，绿化覆盖率达39.59%，人均公园绿地面积达12.26平方米。在第一批74个城市496个监测点位实时发布细颗粒物(PM2.5)等六项污染物监测数据的同时，完成第二批116个城市开展细颗粒物(PM2.5)等污染物监测点位的建设任务，并开始实时发布监测数据。深化重点流域水污染防治。加强流域水资源保护，启动国家水资源监控能力建设项目，建设取用水户、水功能区、省界断面共1.4万个国控监测点，对全国175个重要饮用水水源地实现在线监测，使全国70%以上的许可取用水量、80%以上的重要水功能区、重要省际河流省界断面水质情况得到有效监测。制定《水功能区管理办法》，强化分级分类监管。七大水系的577个水质监测断面中，Ⅰ-Ⅲ类水质断面占66.7%，劣Ⅴ类占10.8%，分别比2012年上升2.6个百分点，下降1.5个百分点。
以大气污染防治为重点，大力推进工程减排。2013年以来，中国中东部地区多次出现大范围雾霾天气，引起全社会广泛关注。2013年9月，国务院发布《大气污染防治行动计划》，提出减少污染物排放、推进产业结构优化升级、加快企业技术改造、调整能源结构、严格节能环保准入等35项具体措施，建立区域污染联防联控机制，妥善应对重污染天气，动员全社会力量参与大气保护行动，大力开展大气污染防治工作，治理雾霾。2013年，全国3400万千瓦现役火电机组脱硫设施实施增容改造，燃煤电厂脱硫机组比例超过90%;新增脱硝机组2.05亿千瓦，脱硝机组比例占全国火电总装机容量的50%;2.03亿千瓦现役火电机组拆除脱硫设施的烟气旁路，无烟气旁路运行的脱硫机组占全国火电总装机容量的46%;5.7亿吨水泥熟料产能新建脱硝设施，已实施脱硝的水泥熟料产能占全国总产能的50%。2013年，化学需氧量、氨氮、二氧化硫、氮氧化物四项主要污染物分别同比下降2.93%、3.14%、3.48%、4.72%，其中氮氧化物排放量首次降至2010年减排基数以下。2013年全国新增城镇(含建制镇、工业园区)污水日处理能力1,194万吨，全国设市城市生活垃圾无害化处理率达到84.8%。
