然而，尽管中国政府数次发起打击行动，这一教派并未因此衰弱或消亡。2000年，创始人赵维山携“女基督”杨向彬逃往美国之后，又在纽约设立了总部，并迅速在许多其他国家、地区发展了信徒。而中国大陆也依然发展迅速。根据河南省反邪教协会的统计，全能神在中国大陆约有300万信众，主要分布在中国的农村地区。
该协会一位不愿透露姓名的官员在接受电话采访时说，全能神教的组织相当诡秘、严密、层级分明，“比政府的有些组织方式更完善、更紧密”。他们常常会以家庭教会成员为目标来招募信徒，暴力是他们经常采用的手段。这位官员表示，在河南当地有许多地下教会的成员因为拒绝加入全能神教而被打伤。
从80年代起就支持中国家庭教会发展的香港九龙基督教复兴教会牧师包德宁(Dennis Balcombe)在接受电话采访时说，全能神教就是邪教，使用如逼迫、洗脑、威胁、性、金钱诱惑等不道德和非法的手段来招募信徒。他无法确定招远麦当劳杀人嫌犯的真实情况，“但是说全能神教会打人，并不奇怪”。他本人就曾在去年受到香港全能神信徒的攻击。
“去年，我在办公室的时候，他们打发四个人来跟我谈话，要我相信全能神，我说这不是我们的基督教，我不相信。后来，我拿出相机拍他们，他们非常生气，动手抢我的相机，打伤了我。”包德宁说，在香港有不少牧师和基督教信徒被他们绑架。“你不加入他们不会让你走。”
中国目前共定义了包括全能神教在内的14种邪教。据河南省反邪教协会的统计，仅在河南省，每年投入在打击邪教方面的经费就达数亿。但收效看起来并不显著。
包德宁说，美国很少有异端、邪教，因为美国宗教信仰自由，到处都能买到宗教的书、听到讲话、到处都有教堂、电视广播也有这些信息，美国人知道什么是异端、邪教。但中国在宗教方面不太开放，所以有很多教会变成地下教会，又由于没有掌握足够的信息，对宗教教义接触不够，助长了邪教的发展。
Simon信教的历程或许可以折射出中国现实的复杂与无奈。出生农村的Simon从小常受同村男孩的欺负。他初中毕业后早早结了婚。在他高二那一年，女儿出生50天后，妻子离开了他。原本只想“找个好工作、多挣点钱”的他之后又遭遇了各种“稀罕事、荒唐事、恶心事、麻烦事、痛苦事”，觉得没有别的路可走，于是在1999年底在家乡加入了一个家庭教会，“因为世上其他的路都是邪恶的、败坏的、淫乱的”。四年后的一天，有人来到他的教会向他介绍了一个新的上帝。经过了许多的辩论，Simon被说服了，加入了全能神教。
几年前，Simon卖掉了自己在家乡唯一的房产后，将其中一部分钱捐给了教会，独自来到北京在一家餐厅里担任保安。他从一家公司的保安跳到另一家公司的保安。他说他全心听从全能神的旨意。
对独自一人生活在北京的Simon来说，对全能神的信仰似乎是他在这座城市里唯一的寄托，也是他与这个社会唯一的联系。因为一切都是“上帝的美意”，“万事互相效力，让爱神的人得益处。”
