这些间谍机构培养的日本间谍有的以外交官、商人、医生、学生等合法身份作掩护，有的剃发改装冒充中国人。他们收买汉奸，四处搜集情报，为发动战争作准备。
1888年底，一些日本间谍潜伏在施工中的威海卫炮台以及威海卫通向荣成的道路、荣成湾附近，为选择山东半岛登陆点作准备。经过长期观察，他们向日本海军递交了一份报告，提出日本对中国开战时，当从荣成湾登陆，对威海卫应采取背后进攻的战术。因为荣成湾面阔水深，沙底适于受锚，无论遇到何等强烈的西北风天气，都可安全锚泊，而且这里位于直隶海峡外侧的偏僻海隅，离威海卫较远，正好拊威海之背。该建议得到采纳，为日军击败北洋舰队起到了重要作用。
对华谍报头目亲自出马刺探军情
1893年是日本对华谍报工作最关键的一年，日本间谍活动尤为猖獗。当时，尽管日本政府的侵华方针早已确定，陆海军也为发动战争作了多方面的准备，但何时发动战争、能否取胜，还需要作出最后的判断。1893年4月，对华谍报头目、日军参谋次长川上操六亲自到朝鲜和中国进行实地考察，为发动战争作最后的准备。
川上操六在考察了朝鲜的釜山、仁川、汉城等地之后，乘船经烟台转赴天津。他在天津停留了一个月，参观了天津机器局，访问了武备学堂，观看了炮兵操演炮术和步兵操练步伐，并亲自登上了北塘炮台观看山炮演习。在驻华使馆武官神尾光臣的陪同下，川上还对天津周围的地形偷偷地进行了考察。这次中国之行，川上进一步了解了清政府的极端腐败，而且对清军战力及地形、风俗人情均作了详细考察，确信清政府战则必败。
回到日本后，川上操六密令公使馆武官井上敏夫、泷川具和分头侦察渤海湾航道及山东半岛、辽东半岛、天津、塘沽等地的设防情况。井上敏夫5月份从烟台出发，用了两个月的时间，游历了山东半岛、辽东半岛和朝鲜半岛西海岸。每到一处，他都非常仔细地观察炮台驻防情况，所走洋面每距约100公里，便用千斤砣试水深浅，详细收集作战所需地理水文数据。
