辽东经略熊廷弼素性刚正，他守辽东三年，边境固若金汤。魏忠贤恨他不肯趋附，遣吏科给事中姚宗文赴辽阅兵。姚宗文不知军务，只知索贿，熊廷弼薄待姚宗文。姚宗文失望回京后，上疏诬劾熊廷弼。熊廷弼被免官，改任袁应泰为辽东经略。不久满洲金兵占据沈阳，直逼辽阳。袁应泰自杀，辽阳又失，辽东附近的五十寨，及河东大小七十余城，全被满洲兵占去。朝议只好再起用熊廷弼。
朝官与内廷，东林与客、魏之间的斗争，日益激化。东林要人左都御史邹元标，在京建首善书院讲学，魏忠贤传旨“宋室之亡，由于讲学”，邹元标遂被罢官。又矫旨毁全国各地书院，禁止讲学活动。另外东林党与齐、楚、浙三党也各自争缠不休。东林党人以“清流”、“正人”自诩，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党。被东林排斥的官员，便投依阉党求存。许多魏忠贤门下曾多次表示悔恨，但东林党全然不顾，不遗余力的攻击使他们走到对立面。如马士英本不是阉党，只因和阮大铖交好，便被群起抨击，遂使马士英决心与东林为敌。东林内部又以乡里为界，分裂成许多小组织互相争吵。《明史》记：“东林势盛，众正盈朝。”内阁、都察院、吏部、兵部、礼部等要职，都为东林党人所掌握，可谓盛极一时。然而，他们又因过于孤芳自赏，坐失良机，短短四年就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，让客魏之流独揽了朝权。
