1953年10月6日，韩日双方代表再次回到谈判桌前，但这场谈判仅进行了15天。令韩国代表无法容忍的是，日本代表竟在谈判中大放厥词，声称日本殖民统治有利于朝鲜半岛，谈判自然破裂。1957年12月日本官方正式表示收回其谈话，韩日谈判才得以重开。第四轮谈判于1958年3月正式开始，这一轮谈的时间较长，断断续续进行了两年。这次谈判结束的主要原因是韩国国内反独裁学生运动高涨。
韩日之间的第五轮谈判开始于1960年10月25日，历时近7个月，此后因韩国朴正熙发动军事政变而停止。1961年11月，朴正熙访美后曾在日本作短暂停留，双方就加速两国关系正常化谈判达成共识。1962年10月，朴正熙派心腹金钟泌访日，与日本外相交换了有关备忘录。据说，当时日方同意给韩方提供相当于赔偿性质的资金6亿美元。此后在进一步的谈判中，这一数目升至8亿美元。
至此，韩日关系正常化谈判进入最后阶段。然而，韩国国内民众的反对声浪日益高涨。虽然谈判是秘密进行的，但有关韩国政府在谈判中做出重大让步的消息在民间越传越广。1964年6月，韩国上万名学生和市民走上街头举行抗议示威，强烈要求政府结束与日本进行的“行乞外交”。当时，朴正熙在汉城实施了约一个多月的戒严令。1965年6月22日，韩日正式在东京签署《韩日基本条约》以及涉及索赔权、渔业等方面的三项协定。同年8月14日，在反对党全体议员抵制投票的情况下，韩国国会以100票赞成，1票弃权的结果通过《韩日基本条约》。同年12月11日，日本国会批准该条约。
韩国民众责备政府让步太大 谴责日本没有反省殖民罪行
韩国民间一向认为，韩日两国1965年实现关系正常化时达成的基本条约及三项有关协定并没有达到清算日本殖民统治历史的目的，当时的韩国政府在谈判中做出了巨大的让步与妥协。巧合的是，韩日签署一系列文件、实现关系正常化的年份与当初日本逼迫朝鲜王朝签署《乙巳条约》、将朝鲜半岛纳为日本“保护地”的年份同属旧历乙巳年，因而当时不少韩国青年学生甚至称《韩日基本条约》为第二个《乙巳条约》。
从1965年签署的《韩日基本条约》中可以看出，日本并未就其过去的殖民统治做出道歉。双方就核心问题--战争索赔问题签署的《韩日索赔权协定》表明，日方给予的8亿美元并非是真正意义上的赔偿金，而是“经济合作资金”。此外，协定还规定韩日之间的赔偿问题从此终结，韩方今后将不再就此向日方提出要求。
