正当甘祖昌为建设新疆日夜奋战的时候，敌人的魔掌却暗中向他伸了过来。1952年春，他到郊区检查工作，途经一座30余米长的木桥，由于桥板被歹徒锯断，甘祖昌乘坐的车子翻到河里，甘祖昌身负重伤。经过一个多月的精心治疗，他外伤痊愈，却留下了严重的脑震荡后遗症。
1953年以后，甘祖昌的脑震荡后遗症越来越严重，经常昏倒，1954年到庐山疗养治病，仍不见好转。
1955年他被授予少将军衔。在授衔仪式上，他穿着将军服，神采奕奕，但回家后却对妻子说：“我做的工作太少了，组织上给我的荣誉和地位太高了!”此后，他不止一次向组织上写报告：“我自1952年跌伤后，患了严重的脑震荡后遗症，不能再做领导工作了。但是我的手脚还是好的，请求组织上批准我回江西农村去，我愿为建设社会主义新农村做贡献。”当时，他的请求没被批准，1957年他又一次写申请，这年恰逢总政治部副主任萧华到新疆检查工作，他当面向萧华提出申请。最终，组织上批准了他的回乡请求。
二
1957年8月，甘祖昌带着家属从新疆动身回莲花。临行前，他对家人说：“新疆到莲花，路途遥远，要尽量少带行李，为国家节省点差旅费。”全家大小14人，行李精简成3个箱子，此外就是带了8只笼子，装着6头约克猪、15对安哥拉兔、15只来航鸡。
初冬的一天，甘祖昌把全家人召集到屋后的虎形山上说：“我们队里人多田少，应该扩大耕地面积，把这片荒山开垦出来种上蔬菜，栽上果树多好!”小弟洪昌说：“这片黄泥山不长庄稼，种了也白费力!”甘祖昌摇摇头说：“不是土质不好，而是开垦的方法不对。南泥湾土质比这更差，庄稼同样长得很好。主要是挖得深，水份可渗入底层，不容易被太阳晒蒸发掉。方法是先把表层土挖五六寸深放置一边，再深挖下去一尺，然后把表土覆盖在上面，施上些农家肥，庄稼一定长得好。”大家听他说得有道理，决定试着干。甘祖昌带头干，一个冬天挥汗如雨，挖断了六七把锄头。工夫不负苦心人，第二年春天，在这片用汗水浇灌的土地上，终于长出了半斤多重的大萝卜、十几斤重一兜的大番薯。在甘祖昌的带动下，周围的乡亲也向荒山进军。
甘祖昌所在的坊楼沿背大队有1400亩耕地，其中600多亩是冬水田，常年水汪汪，亩产只有200来斤，因此全大队年年吃国家返销粮。怎样才能改造好冬水田呢?甘祖昌查看了16个垅、60多块冬水田的土质。他想起了城市挖地下水道排除污水的方法，便把队干部召集起来开座谈会，谈自己的想法。生产队长说：“开沟排水的确是个好方法，可以先搞一丘田做试验。”
