麦克阿瑟也不甘寂寞，1950年1月，他派其情报处长韦龙比访台表示：如蒋不愿离台，则不应干预行政，麦克阿瑟可以派人入台相助。被蒋断然拒绝。
1月3日，美参议员弗格森询问台“驻美大使”顾维钧：孙立人是否已和麦克阿瑟见面，因孙曾请他帮助安排。顾维钧大吃一惊：想不到孙立人瞒着蒋介石与政客交往。
2月21日，麦克阿瑟竟然不与蒋介石打招呼，直接派专机去接孙立人。孙为了表示“清白”，请求陈诚核准。孙立人到东京会晤麦克阿瑟，麦克阿瑟希望他负起“保卫台湾”的责任，并表示将尽力提供军援。孙立人返台后向陈诚转告他在东京的情形。孙立人以为这样可免遭蒋、陈的疑心，实际上，不去东京才是最好的选择，这是他临死前的醒悟，可惜太晚。
在麦克阿瑟以军人的莽撞姿态向蒋介石示威的时候，美国务院和中央情报局分别拟定了《台湾政变草案》和《台湾可能的发展》。《草案》建议以孙立人为指挥官，以“反共、保台、联美”为主旨，对蒋实行软禁或放逐。《发展》则说：“最近几个月，各种报道均暗示，受过美国教育、现负责台湾防务的孙立人，正计划发动政变，俾使蒋介石成为有名无实的领袖，同时并铲除其亲信。目前有几项因素不利于在此时发动政变。有关政变的谣言广为流传，蒋周围的人亦已知悉。此外，孙立人缺乏政治经验，对军政领导人欠缺影响力，显示他也许没有力量从事造反。如果未获美国事实上的支持，将不可能发动政变。”
在美方日趋明白地将政变计划付诸实施的感染下，孙立人也开始改变其暖昧立场。1950年3月，美巡回大使吉塞普向艾奇逊报告：“孙立人将军陷于困境，他向我抱怨无权指挥海空军，亦无人在'宫中'帮他说话。”腊斯克于5月30日向艾奇逊提出长篇报告建议：应告知蒋介石，要他离开台湾，将权力交给孙立人，然后，由联合国决定台湾前途，台湾获托管后，即宣布撤销杜鲁门1月5日决定不协防台湾的声明。美国国务院倒蒋态度日趋明朗。其实，早先，美国防部曾由坎拿德提出一份计划：由孙立人担任陆军总司令，由一群自由主义分子在胡适领导下组阁。
6月19日，美国国务院制定出在台实施政变的机密计划。这份计划规定：(一)美国如要达成防卫台湾的目的，蒋介石及其党羽必须离开台湾，将一切权力交给由美国确定的人领袖;(二)上述步骤完成后，美海军驻防台湾海域，以防止中共攻台或台湾“反攻”大陆;(三)如蒋抵制这一计划，美国应派出密使“以最严密的方式”通知孙立人，如果他愿意发动政变，则美国提供必要的军援。
档案显示，此密使为美第七舰队司令柯克，他被蒋介石称为“我最良之友人”，1949年到1950年初，为在杜鲁门政府的禁令下购置大批武器立下了汗马功劳。
