清朝就这样开始了对中国的统治。但明朝的遗臣首先拥立神宗的孙子福王，试图进行抵抗。可是他们步调不齐，在南京失陷、福王被俘之后，接连地拥立了唐王、鲁王、桂王等，逐渐被追逼到边远地区。清顺治十八年(1661年)，流亡缅甸的桂王(永明王)政权覆灭之后，明王朝终于在形式上也灭亡了。清世祖死后，以英明而闻名的圣祖康熙帝即位。
另一方面，在日本，以庆长五年的关原之战为转折点，霸业由丰臣氏而转入德川氏手中，元和元年大阪夏季战役招致丰臣氏的灭亡，从而巩固地建立了德川幕府对全国的统治。第二年，家康死去，经过秀忠至其孙家光执政时，彻底施行锁国令，幕藩体制的基础日益巩固。明清交替时期正好是家光当政的时代。
郑成功父子
《国姓爷合战》是近松门左卫门博得好评的剧作之一。故事的梗概如下：
明王朝被与鞑靼王勾结的叛逆李滔天(李自成)灭亡，思宗皇帝被杀，公主好不容易逃到海上，飘流到日本肥前的平户海滨，被和藤内所救。和藤内实际上是明人老一官与日本的一位女子所生的混血儿。他听说父亲的祖先危急，与父母一起奔赴中国。途中打死了老虎，来到甘辉将军的狮子城。最初甘辉将军不表露自己的心迹，中间经过将军的妻子--和藤内的异母妹妹--锦祥女的自杀悲剧，两人终于宣誓共讨逆贼。于是和重臣吴三桂协力打倒了李滔天，胜利的完成了明王朝的愿望。
说明王朝得以复兴，这当然是对史实的歪曲，但仅就主人公和藤内的原型郑成功是明人郑芝龙与日本女子(田川氏)所生的混血儿，为包围明王朝的孤垒而进行了艰苦卓绝的奋斗--这些主要的事实来看，应当说《国姓爷合战》中是反映出来了。看来剧中写到明王朝的复兴是出于作者的同情，作者出于对有一般日本血统的郑成功的亲近感，及对其忠诚的共鸣，而想在剧中实现其未能实现的理想。另外，剧名叫“国姓爷大战”，是由于唐王曾把明皇室的姓--朱--赐给郑成功，以后世人都称他为国姓爷。
郑芝龙出生于福建的泉州，据说他十八岁时来岛日本的平户。最初居留于日本，可能是从事于日中之间的秘密贸易，后来投身于海盗集团，当上了在福建沿海一带进行掠夺的海盗首领。
郑成功就是郑芝龙与肥前松浦藩下级武士田川氏的女儿结婚后所生的儿子，幼名福松，中国名字叫森，七岁时渡海去中国。
父亲郑芝龙后来归顺明朝，凭其实力当上了福建总兵，由海盗一变而为剿灭海盗的官军;在明、清交替时期曾效忠于福王，福王被清军俘获后，拥立唐王;但后来又倒戈效忠于清朝，与其子郑成功对立;最后被清朝扣上谋反的罪名处死。他的一生确实充满了波澜。
另外一方面，郑成功在其父降服清朝之后仍然效忠不屈，远与桂王联系，以福建的厦门一带为根据地，辗转奋战，而且一度溯长江而上，进逼南京，几乎把南京城攻陷。但事业未成，被迫不得不从大陆撤退，转而进攻台湾。这是清世祖顺治十八年(日本宽永元年)(1661年)的事。
