1989年1月18日至20日，第13、14、15侦察大队奉命先后撤出老山战区归建。越南于当年9月宣布从柬埔寨全部撤出军队后，10月30日，13集团军部队也奉命撤离老山战区休整，由云南省军区守备部队接替其防务。至此，中央军委正式决定结束中越边境轮战。13集团军所属部队在一年半的轮战期间，共歼敌1787人，自己伤亡240余人，是两山参战各军中牺牲人员最少的。
云南省军区守备部队从两山作战发起时即执行防御作战任务，后来又支援配合各野战军轮流作战，先后参战16000人，截止到1989年10月，共歼敌2962人，自己伤亡940余人。中越边境轮战结束后，云南省军区守备部队继续坚守两山地区，贯彻中央军委的“针锋相对，来者必打，打则必胜”“不吃亏，不示弱”方针，坚决还击越军的炮击和骚扰挑衅，保持了对当面越军的适度军事压力。1990年2月13日，云南省军区守备1师2团3连击退了越军约1个排对B64号、66号阵地的偷袭，歼敌5人，这是老山战场中越两军间的最后一战。1990年9月和1992年3月，守备1师2团组织人员平毁了越南边民在楠木坪争议地区种植包谷，以火力驱逐了在662.6高地前沿建房的越南边民，坚决维护了中国的利益。
1993年2月10日，随着中越关系恢复正常化，中央军委命令成都军区正式解除老山地区防御作战任务。从4月1日零时起，边防部队转入正常守备。至此，两山作战全部结束。
据不完全统计，在1984年4月至1989年10月的两山作战期间，中国军队共歼灭越军38000人左右，其中击毙15000人以上，俘敌61人，自己伤亡9500人左右，其中牺牲约1900人左右。
两山作战的胜利，正如1980年代一首著名的歌曲中唱得那样，“共和国的旗帜上有我们血染的风采”。和平，是要付出代价的。
