五月二十八日、联合舰队开至基隆外海,原先预定在基隆直接入港,但因遭到海岸的克鲁伯岸防炮射击而受阻。当夜,能久亲王与桦山资记商讨战术,决定将船团分割为两队,一队为岸轰队、一队为登陆掩护队,分别展开行动。
五月二十九日未明,以巡洋舰严岛护航的第一旅团运输舰姬路、佐仓、丰桥叁艘运输舰脱离联合舰队本队;六点整时,以代理旗舰吉野号为首,对基隆的海门天险炮台炮击。同日、下午两点左右,川村景明少将指挥的前锋两千人在基隆东方的澳底抢滩登陆,在严岛的援护射击下摧毁清军岸防碉堡,击退由曾喜熙、徐邦德指挥的叁营约两千名淮军,设立滩头堡。紧接着,川村景明指挥的第一旅团於五月叁十一日占领叁貂岭、九份、瑞芳、暖暖,从侧翼威胁基隆要塞的台湾守军,驻守基隆要塞的守军,约有广勇十二营共六千人兵力,由前淮军都统张兆连、李文魁率领,以及瑞芳乡勇孙道义等部两千人,共计近九千守兵。
六月叁日,川村的第一旅团从背后切断台北到基隆的补给线,猛攻基隆要塞后侧。同时,能久亲王下令发起总登陆命令,全军於基隆抢滩上岸,当天傍晚即与要塞守军进入白刃战,要塞司令张兆连阵亡,基隆守军溃败。