七月十三日，由樱井茂夫特务曹长率领的35人的日军运粮队遭到以苏力为首的客家游擊隊伏击。樱井茂夫将运粮队分成两队，自带一队抵挡左岸(南岸)的进攻，江桥勇次郎军曹带一队抵挡右岸(北岸)的进攻。樱井中弹身亡。江桥率队突围。突围中死于义军刀下或被击毙的25人，只有9人杀出重围，其中江桥等5人重伤无法脱逃，用剑切腹自尽。
日军护粮队全军覆没的消息传到台北后，北白川能久决定派骑兵队去侦察三角涌的情况。22人的骑兵小队也遭到伏击，最后，全小队22人中，只有中士村松精一郎、上等兵宫崎吉三郎、一等卒樱田不二麻吕3人生还。
八月九日，日军补充兵五千名登陆基隆，其任务为镇守台北府城，并扫荡西部平原上的客家游击队。获得补充兵力后，近卫师团与清军展开尖笔山会战，总兵徐清胜见日军军势浩大，失去战意，於翌日派人向能久亲王递交守军名册计五营两千馀人，并宣布投降;而其他尚能保持组织的前清军与乡勇则不断后退。八月十四日，日军占领苗栗。
由於北台湾守军的急速崩溃，或许也造成了日军轻敌大意的心理，随后，由於台湾西部东西向河流过多，又无可供大军辎重通行之道路，炮兵、物资无法跟上前锋进击而脱队，打前锋的山根信成第二旅团也被迫拉长行军纵队。在这段时间里，日军饱受补给遭受游击骚扰和士兵苦於瘴气痢疾的困扰，死、伤、病、失去战力者已经突破两千人。
