另外有两次“负伤”则不是战争的洗礼，而是政治蒙冤。第一次是抗日战争时期，他被打成“托派”遭关押，受尽酷刑折磨，最后准备处决之际，罗荣桓穿越数道封锁线，星夜驰救，他才幸免于难;第二次是任成都军区司令员时，林彪“九一三事件”后被审查下放，历时8年才得以纠正。
从红军时期的红一军团、红一方面军，到抗战时期的115师、解放战争时期的第四野战军，很长一段时间梁兴初是在林彪的直接统领下，也是林彪非常欣赏的战将之一，林彪“一点两面”的战术，也是他最先去打的。正因如此，在那个特殊的年代，他自然在劫难逃。
1971年10月，中央召集张国华、梁兴初、李大章到北京汇报四川的工作。11月14日毛主席接见。那天，毛主席说，我也没想到会出现林彪事件。党章上写了的“接班人”，中央要负责，大家都举了手，不要把举手的人都当成林彪的人，还举了个风趣的典故说，不是“喝了他家的茶，就是他家的人”。毛主席指着梁兴初说：“你喝了林彪的茶，不是林彪的人嘛。”梁兴初对这个典故不明白，但是对“不是林彪的人”几个字听得很清楚，回家后高兴地问秘书岳广运这是什么意思?秘书也高兴：这是明摆着的，毛主席帮你开脱了!
然而问题没这么轻易解决，“本来我父亲的检查在会上已经通过了，很多老同志也说：老梁这人怎么会搞这些事呢?也都替他说话了。但是张春桥当时负责军委的整顿工作，不干，非得要审查。”
“1979年，黄克诚在谈到纠正错误时点名提到我父亲，说他怎么可能反党，那么老的老红军，英勇善战，子弹穿身，立过很多功，说这样的人反党我不相信。在这之后，1981年10月，撤销了我父亲的一切处分，撤销中央(1972)14、13号文件中关于‘梁兴初同志上了林彪的贼船，犯了严重的方向路线错误和宗派主义错误’的定性。”
