从1972年11月到第二年的7月，上海《文汇报》连续发表了多篇文章，阐述哲学与自然科学的关系，虽然打着讨论的旗号，但是从文章的题目就已经为这个讨论定了性，比如《马克思主义是最基础的理论》、《用唯物辩证法统帅自然科学》、《自然科学总是受哲学支配的，学习自然辩证法的笔记》等等，这些充满火药味的文章虽然没有点名，但是却意有所指，批判的是北京大学副校长周培源。
这一年十月，《光明日报》发表了周培源的文章，《对综合大学理科教育革命的一些看法》。文章针对当时“理论无用论”和“取消理科”的论调，阐述了自己的观点，周培源在文章中指出，综合大学立刻的培养目标是掌握一定的自然科学理论知识，具备做科学实验，理论分析，概括和计算工作的力，这些如今看起来是最基本尝试的论点，在当时却引起了轩然大波，上海《文汇报》率先出手刊文反击。这些文章虽然角度不同，各有侧重，但是对是上升到了理论高度，无非就是针对自然科学的“取消和代替论”，文章的作者认为，基础理论没有用处，是资产阶级偏见，要取消，所谓“代替”，就是要用哲学来代替自然科学，各个学科基本理论的研究。
表面上看这只是理论之争，然而实际上对于周培源这种不点名的围攻与批判，矛头所指是总理周恩来。
1972年杨振宁参观了北京大学和中国科学院物理研究所，他提出应该加强基础理论的学习和研究，7月2号。周恩来接见杨振宁的时候，表示完全赞同杨的建议。
周恩来说，杨先生说我们的理论太贫乏了，而且我们也不跟人家交流，恐怕这话有道理，你看到我们的毛病了。
据说，杨振宁的建议也得到了毛泽东的赞许，几天之后，周恩来在接见美籍华人参观访问团的时候，他对参与会见的周培源说，你回去要把北大理科办好，把基础理论水平提高，这是我交给你的任务，有什么障碍要扫除，有什么钉子要拔掉。此后，针对自然科学的基础理论研究工作，周恩来多次批示，要求国务院科教组和科学院好好议一下，并要认真实施，不要如浮云一样过了就忘了。
周培源那篇关于自然科学理论研究的文章，就是在这个背景之下产生的，不过，周恩来的意见却遇到了强劲的阻力，反对者就是张春桥。
