黎元洪不甘心只做“盖印总统”，意图反击段祺瑞，失败后只得黯然去职
黎元洪失去湖北老家后，无拳无勇，名义上当着总统，但完全不被手握大权的总理段祺瑞放在眼里，以致上演了总统府与国务院间的“府院之争”。黎元洪的总统府秘书长张国淦回忆，段祺瑞任用的国务院秘书长徐树铮“抱把持政权之野心,欺黎势孤,凡事专擅,致黎有‘盖印总统’之恶评。”徐树铮在职时，“每日进府盖印,不发一言。某日因山西省同日更动三厅长,黎偶问及何原因(其实阎锡山来呈请简,各有缘由,不难简单陈述;且简任官之任免,须经过阁议,徐亦完全接头) ?徐竟率对以‘总统但在后页年月上盖上印,何必管前面是何事情。’黎当时大为难堪,表示以后不愿再见徐之面。”在《临时约法》中，总统虽然是虚位元首，但也有权过问政府行政。段祺瑞将黎元洪完全当做摆设，后者自然无法忍受。
在是否对德宣战问题上，黎元洪与段祺瑞彻底决裂，黎大总统一怒之下，免去了段总理的职务。黎元洪这一举动激怒了各地的“北洋袍泽”，督军们纷纷宣布独立。黎元洪把名义上的督军盟主张勋当了救命稻草，请他进京调停。谁知张勋一来，就强迫解散国会，拥立宣统帝复辟。黎元洪躲进外国使馆前，下了两道命令，一个是让南京的冯国璋以副总统代理总统职务，一个是再次任命段祺瑞为国务总理。事变平息后，黎元洪辞去总统职务。
学者汪朝光在研究了黎、段“府院之争”后说，“在大多数情况下,国会不过是当政者寻求统治合法性与正当性的工具而已”“事实亦说明,黎元洪所自恃的国会、社会团体和舆论的支持,在军人的枪杆子武力前亦完全不可靠”。
虽系民国法统之象征，但黎氏终不免彻底沦为军阀争权的工具
黎元洪无权无势，张勋复辟后，本无机会东山再起，但黎氏系按《临时约法》做的总统，乃是法统之象征，故在混战时代，作为军阀争权的工具，黎氏仍有其特有的政治“价值”。
直系控制政权后，任意解释法律，选择请黎元洪出山“恢复法统”
在黎元洪因张勋复辟去职后，冯国璋当了一段代理总统，到1918年，中国进行了第二次国会选举，产生了新国会。听命于段祺瑞的所谓“安福俱乐部”，在新国会中占据了绝对多数席位。这个新国会没有选实力雄厚的冯国璋继续当总统，而是让手无寸铁的文人徐世昌当了民国元首。
直皖战争和第一次直奉战争后，段祺瑞下野、张作霖势力被逐出关内，曹锟为首的直系军阀控制了中央政权。这时在旧国会第一次恢复时当过众议院议长的吴景濂，给直系上了一条妙计：“恢复法统”。他说，“中国数年糜乱，皆由法律无效所致，予等在南方护法，即为此点。故法律问题若能解决，则徐氏之地位系非法选出，自然迎刃而解。故今日办法，仍要在北方树护法之旗帜。要知揭出护法旗帜，不但数年护法问题可以解决，则公等与曹巡阅使所处之困难，亦可解决。”
在南方看来，新国会是在段祺瑞一手操纵下产生的，自属“非法”，其选举产生的徐世昌也成了“非法总统”。南方反对势力因此以“护法”为旗号，脱离于北京中央政府管辖之外。如果直系打出“恢复法统”的旗号，一方面能将亲奉系的徐世昌赶下台，另一方面也能让南方失去“护法”的借口。法律云云其实只是个幌子，吴景濂说得很露骨，“君等握军权有实力者之意见为如何便如何耳”。
