9月，行营改称国民政府主席武汉行辕，程潜仍任主席。1948年春，国民党召开行宪大会，选举总统、副总统。程潜在部属、同僚的劝说下，决定竞选副总统。后因蒋介石在幕后为孙科拉选票，程潜愤而放弃竞选，支持李宗仁击败了孙科。
李宗仁当选副总统后，白崇禧出任华中“剿总”司令长官，总部设在武汉。武汉行辕随之撤消，程潜于1948年7月回湖南任长沙绥靖公署主任兼湖南省主席。8月10日，他在省政府宣誓就职。
程潜一回到湖南，就抓紧扩充军队，编训新兵。此时，程潜与蒋介石及桂系的矛盾也日渐加深。蒋介石企图利用程潜牵制桂系，在他身边安插了一批亲信以作监视。1949年1月，桂系逼蒋介石下野，李宗仁代理总统。此时，李宗仁、白崇禧仍企图凭借长江天险，与共产党隔江而治。但程潜已决意走和平道路，他派族弟程星龄与中共地下党取得联系。
事实上，蒋介石曾考虑将张学良扶植成自己的接班人。在首批开放的日记中，有不少蒋介石与张学良的关系记载，有一天蒋介石与张学良谈话，蒋后来在日记里写：“我告诉他，我死后，人事如何如何安排，我不知道张学良听明白了没有。”这实际上是暗示要张学良做他的接班人，把领导权交给他。
