对于周恩来在“文革”中发挥的积极作用，陈云给予了公正客观的评价。1979年1月4日，他在中央纪律检查委员会第一次全体会议上的讲话中指出：“十多年来，林彪、‘四人帮’的破坏是很大的，那时候开会就是翻语录本，‘万寿无疆’还要喊三次，什么早请示晚报告，打电话要先念语录本。这些东西都是周恩来同志制止住的。没有周恩来同志，‘文化大革命’的后果不堪设想。他保了很多同志下来，我们这些人都是他保的嘛！”
无产阶级革命家李先念1992年去世后，陈云专门写了悼念李先念的文章，高度评价了李先念一生的重要功绩。
他指出：“先念同志从红军时代起就是一位久经沙场、英勇善战的将军，在长期的武装斗争中，他为中国人民的解放事业建立了不可磨灭的功勋。”“‘文化大革命’期间，先念同志在十分艰难的情况下，协助周总理主持全国财经工作，使一大批在建和新建项目得以建成或加快了建设进度，其中包括攀枝花钢铁厂、武钢一米七轧机、十三套大化肥、四套大化纤、焦枝铁路、襄渝铁路和胜利油田等，继续为我国社会主义现代化建设打基础。”
“在粉碎‘四人帮’这场关系我们党和国家命运的斗争中，先念同志同叶帅一样起了重要作用。”陈云在文章的最后阐明自己的主张：“先念同志为在中国实现社会主义和共产主义奋斗了一生，他的革命精神是永存的。我们要怀念他，学习他。”
