对林彪集团和“四人帮”反革命集团，陈云主张区别对待和处理。陈云曾对浙江省委书记铁瑛说：处理“四人帮”与处理林彪反革命集团要有区别，“四人帮”这些人祸国殃民，“文化大革命”十年干尽坏事。而在战争年代，他们也没有任何战功。林彪反革命集团则有些不同，他们主要是部队的。像黄、吴、李、邱他们，包括林彪，过去这些人都打过许多仗，也立过各种战功。他们现在犯了罪，应该处理，但与“四人帮”应该有所区别。
对“文革”中积极参与“四人帮”反革命集团活动、制造了许多冤假错案的康生，陈云同志目光犀利，判断准确，用大量史实揭开了康生的真面目，摘下了戴在他头上的“无产阶级革命家和反修战士”的桂冠。
在1978年11月的中央工作会议上，陈云指出：“‘文化大革命’初期，康生同志是中央文革的顾问，康生同志那时随便点名，对在中央各部和全国各地造成党政机关瘫痪状态是负有重大责任的。康生同志的错误是很严重的，中央应该在适当的会议上对康生同志的错误给以应有的批评。”
1979年3月6日，陈云在会见来访的马来亚共产党总书记时再次指出：“康生犯过两次大的错误，都是极‘左’。一次是在延安整风后期搞‘抢救运动’；一次是在‘文化大革命’中乱点名，大概点了600个人以上，都是高级干部。
