除刘少奇外，陈云还实事求是地评价了陶铸、王鹤寿、彭德怀、薄一波等同志为党的事业作出的贡献，使一批党的优秀干部得以平反。
在1978年11月中共中央召开的工作会议上，陈云做了一个有重要历史意义的发言，他在会议东北组的发言中首先提出了“文革”中制造的所谓薄一波等61人叛徒集团一案，他实事求是地证明：“他们出反省院是党组织和中央决定的，不是叛徒。
1937年7月7日中央组织部关于所谓自首分子的决定这个文件，是我在延安任中央组织部长以前作出的，与处理薄一波同志等问题的精神是一致的。……在1941年也写过一个关于从反省院出来履行过出狱手续，但继续干革命的那些同志，经过审查可给以恢复党籍的决定。这个决定与‘七七决定’精神是一致的。
这个决定也是中央批准的。”他明确主张：对于那些在“文化大革命”中被错误定为叛徒的同志应给以复查，如果并未发现有新的真凭实据的叛党行为，应该恢复他们的党籍。抗日战争时期和解放战争时期当时由党组织决定在敌伪政权中任职，掩护我党我军的工作，这些党员在“文化大革命”中被定为叛徒的，也应复查，对并无背叛行为的同志应恢复党籍。
陈云还对“文革”中和“文革”前遭受冤屈的党和军队的卓越领导人瞿秋白、张闻天、肖劲光等作出过正确客观的评价，帮助他们平反昭雪。对于瞿秋白在狱中写了《多余的话》，陈云认为，看人要看主流，看全面，他无非就是写了个《多余的话》，有消极的东西，但临死前还高喊口号“共产主义万岁”、“共产党万岁”。在八七会议上，他是反对陈独秀的，他的“左”倾错误路线时间不过半年。
