中国国防工业系统随后进行重大改革，改变此前每种武器系统的生产商都由行政指定、科研院所与生产脱离的国防工业管理体系，组建11个军工集团公司，其中核、核建和电子行业各1个，火箭航天(生产和技术)、航空、造船和陆军装备领域各2个。所有公司既生产军用，也生产民用产品。
每个集团都有几个细分行业集团公司，比如中航一集团内部就有2003年专门成立的发动机系统制造集团公司和5个飞机制造集团公司，整合了几十家，有时甚至是上百家企业、科研院所、实验室和其他机构。科研和生产合为一体，内部引进竞争因素，从而提高了产品质量。每个集团公司65-90%的产品是民用产品。当然，还有许多军工企业没有并入任何一家集团公司，因此实际上无法准确地说出中国国防工业的真实规模到底有多大，从业人员到底有多少。大概估计，终端产品组装企业约有300家，军工企业总共多达数千家，从业人员数百万人。
中国军工企业生产大量民用产品，通常都是科技含量相当高的产品，而且对外出口供应，和平时期能够保证整个公司赢利，而在受到威胁或者爆发战争的时期，可以迅速转变生产模式，只生产军用产品，能在几个月内使军品生产规模增加3-10倍。另外，集团公司内部军用和民用产品联合生产，还能通过技术交流提高所有产品的质量。
