俄美乌三方围绕这些导弹的处理问题展开了复杂的博弈，最后于1999年达成妥协。乌方应当把581枚KH-55巡航导弹，包括能携载核弹头的改型导弹，以及还能飞行的图-95和图-160战略轰炸机运往俄罗斯，以此抵消乌方拖欠的俄天然气供应款。
在随后的两年内，俄方在美方资助下销毁不再适用的导弹(487枚)和轰炸机。2000年底，乌政府声称已向俄空军远程航空兵转让了581枚KH-55巡航导弹，乌军方至今仍在坚称，当年似乎共向俄方转让了587枚KH-55导弹。俄方声称，只从乌方得到了575枚该型导弹。与此同时，乌克兰储备的KH-55巡航导弹也全部销毁。乌国防部官方发言人在最初的报告中声称共销毁了483枚，后来修改为487枚。
近日，俄罗斯《独立军事评论》周刊披露，前苏联解体后，遗留在乌克兰境内的核导武器失踪之谜至今尚未揭开，但是失踪事实已经确认。其中图-95MS和图-160战略轰炸机配备的部分KH-55亚音速巡航导弹可能流失到了中国。这是根据2005年时任乌总检察长皮斯昆在接受英国《金融时报》时声称，乌方向中国出口了12枚和6枚KH-55巡航导弹。但是他强调称，这些导弹没有战斗部。乌总检察院新闻处随即发表声明，声称皮斯昆的讲话被西方媒体误读。乌官方并没有向中国销售KH-55导弹。即便中国得到了相关武器，也是不法分子通过走私渠道进行的非法贸易，与乌官方无关。
