俄方消息人士披露称，在这架A319客机完成8000米的爬升后，航空调度员开始把这架飞机的指挥权转交给自己在莫斯科自动化空中交通管制中心的同事(每名调度员都有自己负责的特定区段)。在此次转交之前不到一分钟的时候，第一名调度员曾向客机机组通报称，客机航向上预计有另外一架飞机将从西南方降落，这架飞机应当在客机上方1000英尺(350米)处，而1000英尺则是空中飞机之间最低安全距离。
一名空管调度员透露称，事件发生在飞机指挥权交接之际。法国机组人员得到的信息是交会飞机的高度将高于客机，法国飞行员也确认得到了这条消息。但是在转由第二名调度员控制时，法国飞行员报告称，他突然发现一架图-95轰炸机(速度最快的螺旋桨飞机)正在危险地接近自己，两架飞机之间的距离不到100米。他将为此提交抗议照会，因为客机差点与轰炸机相撞。在两架飞机危险接近之际，图-95军用飞机是从西南方向飞来，高度在下降。与此同时，法国客机在向西飞行，高度在爬升。
谢列梅捷沃机场指出，根据时间表，法国AF-1645航班本应当在莫斯科时间14时50分起飞，但是实际上直到15时03分才起飞，这个差错可能与客机和轰炸机差点相撞的事件有关。
