3人都否认涉及“国安”疑虑，并强调大陆南海研究院的特聘研究员属于荣誉职，没有工作义务及酬劳。而美国、韩国、印尼、新加坡和挪威等国知名学者也担任该院特聘研究员，且这些人常批评大陆南海政策。刘复国28日称，自己是学者，兢兢业业做着知识分子的工作。高圣惕说，南海研究院主要是探讨南海相关议题，台湾不是联合国成员，透过这个机构可让区域内学者彼此对话，化解分歧。受邀赴韩演说的宋燕辉则强调，南海学术交流是建立在“中华民国宪法”架构、陆委会深化两岸交流政策及争取台湾参与国际有关南海安全对话的基础之上的，只有为台湾打拼、维护台湾南海权益的贡献，没有“国安”疑虑或利益冲突问题。
此外，台当局补助大陆学者赴台研究，同样引起岛内疑虑。《自由时报》称，“监察院”最新调查显示，当局近6年补助大陆和港澳来台研究的学者达584人，由于他们的研究领域不乏触及敏感科技项目，“倘若发生泄密情事，恐危害我国国家安全或是科技发展”。“科技部”称，对于机敏科技研究计划，制定了“政府资助敏感科技研究计划安全手册”，不具台湾籍的被延揽对象从事教学或研究涉及安全、机敏科技等，“科技部”不予补助。有分析称，岛内近几年人才流失到新加坡、大陆和韩国的情况相当严重，台湾与其加大对专家学者的管控，倒不如想想怎么才能留住他们。
