进一步细化备查或审议
草案进一步细化了“两岸人民关系条例”第5条规定的“审议”和“备查”程序。若两岸协议内容涉及法律的修正或应以法律规定的，应送“立法院”审议，并同时提出须配合修正或制定的法律案。其中，协议应经“立法院”二读会议决，法律案应经“立法院”三读会议决。协议内容不涉及法律的修正或无须另以法律规定的，则送“立法院”备查。对于原本只是备查案的两岸协议，送“立法院”后，“立法院”认为有违反、变更或抵触法律的或应当以法律规定的，有权更改为审议案处理。
审查审议未通过的处理
草案明确规定，若两岸协议经“立法院”审议或审查未能通过，协议统筹办理机关应立即通知大陆方面，并视需要与大陆重启协商。不过，草案并没有规定“立法院”可以对协议进行修改。草案也强调了“立法院职权行使法”第61条的适用，要求各委员会审查作为行政命令的两岸协议，应于院会交付审查后三个月内完成;逾期未完成的，视为已经审查。
台“行政院”院会通过条例草案之后，已把草案送“立法院”审议。目前在台立法机构审议的两岸协议监督条例草案有在野党团提出的8个版本，加上学生力挺的“民间版”，共10个版本，民进党团提出的版本直接将两岸协议定位为“两国协议”，破坏“九二共识”，不可能得到多数民意的支持。而学生支持的民间版条例草案，规定协商前“立法院”可修正、附款、保留，协商阶段须公开协商结果、签署前须举行听证会等，实际是“两岸签不成协议条例”。“行政院版”监督条例草案送“立法院”后，势必跟其他版本并案审查。由于各方版本差距过大，未来监督条例法案在委员会审查阶段，将会产生激烈争论甚至杯葛，会成为朝野攻防的另一个重头戏。国民党方面主张，监督条例草案的审查不应影响服贸协议的审查，将来通过的监督条例不应溯及于正在审议过程中的服贸协议。最终通过的条例是何内容，仍有待观察。
