对此，“教育部”主秘王作台否认课纲微调有政治考虑。王晓波19日接受《环球时报》采访时称，历来的史家都是称呼“明郑”，原来陈水扁时期的“95课纲”用的也是“明郑”，“这些无知的民进党人，根本没办法跟他讲话”。他直言，微调课纲只是“要恢复中华民国宪法原则”，“宪法增修条文前言里就讲，增修条文是在国家统一前实施的，当然是终极统一啊”，而且“宪法”里规定“一国两区”，并没有说“一边一国”，“我们台湾人也拥有大陆的主权，绿营人士凭什么让我们放弃啊，这不是出卖台湾人民吗?”
针对绿营指责微调是“去台湾化”，王晓波对《环球时报》说，“我们正好不是”，而是增加台湾化，譬如增加了台湾人参加中国革命的内容，从兴中会、同盟会到中共二万五千里长征，同时增加了台湾人参加抗战的部分，“我们是站在台湾人主体的立场上讲话”。至于有关施明德对其身世的质疑，王晓波也进行了驳斥，称“我娘是我娘，我是我”，哪有血统论到这种地步的，根本是封建残余，“我是中华民国国民，当然有权利参与课纲”。
