岛内历史书中的一些用语也将发生改变。课纲委员、佛光大学教授谢大宁称，课纲微调有三个主要方向：错字勘误、内容补正及符合“宪法”，并且全面检视课纲中用语是否符合两岸关系条例，例如在历史及地理科提及“中国”两字，实际上指“两岸人民关系条例”中的“中国大陆”，因此均改称为“中国大陆”。而且课纲说明中一定要明载“有关中华民国播迁来台”，“这段话非常重要，代表中华民国是播迁来台，否则会变成1949年之后，中国只有中共、中华民国只有在台湾，加这段话也才符合我国宪法”。据《联合报》介绍，台湾高中历史课纲草案2010年9月出炉，台湾史、中国史与世界史比例改为1∶1.5∶1.5;如考虑高三选修部分，台湾史、中国史及世界史比例则为1∶2∶3。
绿营质疑马英九此举是在“去台湾化”。民进党“立委”郑丽君称，“教育部”突然微调课纲，包括将“郑氏统治”改为“明郑统治”，并将原先没有的“郑氏政权覆亡的经过”写入课纲，目的是凸显“台湾在郑氏时期也为中国统治”;同时在当代台湾部分，也新增“光复”及“政府迁台”等用词矮化台湾主体，目的是让大中国、大一统史观重新复辟，“难道是马英九为了马习会的伴手礼?”前“国史馆”馆长张炎宪称，“教育部”更改课纲只是要迎合马英九“终极统一”及“一国两区”的想法。
一些绿营人士还把攻击矛头指向负责历史课纲调整的台大教授王晓波。民进党前主席施明德称，王晓波的母亲因为身份问题，在台湾被国民党杀死，王晓波作为后裔，有其特殊的牵系与记忆，“必须质疑马英九为什么同意任命王晓波担任台湾教科书课纲委员会负责人?”
