三峡基金受到的最大质疑是信息不公开。多次提价和加价，到底总共收了多少钱，却没有公开信息。2008年5月，《中华人民共和国政府信息公开条例》付诸实施，公民的知情权有了法律依据。2009年10月至2010年4月，创建“三峡观察”网(www.sanxia2008.org)的任星辉分别向财政部、国务院三峡工程建设委员会、中国长江三峡集团公司、国资委、国家电网申请公开三峡工程建设资金的详细收支数据，但一无所获，向财政部申请行政复议不予受理，向北京中院提起行政诉讼也不予受理，向北京高院提起上诉亦被驳回。
关于各省历年所收三峡基金的数额及全国总额，官方没有公开过，目前只能从有关知情者在文章中透露的信息了解到一鳞半爪。财政部上海专员办工作人员发表的文章中透露，2004年上海实际监缴入库的三峡基金为7.10亿元。全国总数，1992-1994年的情况如上文。三峡总公司财务部主任杨亚2000年发表的文章中透露，根据三峡工程总体筹资方案，三峡工程动态资金需求测算为2039亿元人民币，三峡基金预计1993-2009年可征收900亿到1000亿元。审计署于2006年对三峡工程进行了审计，审计结果显示，截至2005年底，征收的三峡基金为621.38亿元。
三峡总公司主办的《中国三峡建设年鉴》透露，截止2008年底，三峡总公司累计筹集工程建设资金2042.30亿元，其中三峡基金1070.96亿元;自开工到2009年底，三峡专项基金累计完成1115.661252亿元，其中2008、2009年实际分别完成117.0258亿元和117.123亿元。而财政部提供的数据，2008年决算是三峡基金收入202.59亿元、支出204.56亿元，2009年决算三峡基金收入195.98亿元、支出184.50亿元。2012年4月，三峡集团公司总经理陈飞透露三峡基金总数是1378亿元。
三峡基金受到的另一个质疑是2009年三峡工程完工后三峡基金本该停止征收，但实际上却换个名称继续征收。2009年12月31日，财政部印发《国家重大水利工程建设基金征收使用管理暂行办法》，承认重大水利基金是利用三峡基金停征后的电价空间设立，规定：“三峡工程建设基金向重大水利基金平稳过渡，保持三峡工程建设基金现行征收政策基本不变”，本办法自2010年1月1日起执行，三峡基金同时停止征收。但是，在财政部公布的“2010年中央政府性基金收入预算表”中仍有三峡基金，预算收入10.00亿元、支出44.90亿元，而决算情况是收入59.15亿元、支出94.33亿元。这意味着，实际上2010年三峡基金仍在征收。同时增加的重大水利基金，2010、2011年决算收入分别为210.49亿元、275.73亿元，相较于三峡基金2009年决算收入195.98亿元均有增加。
三峡基金受到质疑的还有其他多个方面，比如三峡工程建设主要是由民众出钱，但建成后民众却未见受益，电费负担并没有相应降低;三峡基金的使用是否存在腐败现象;等等。也许，随着三峡集团公司董事长、总经理双双被免职，是否存在腐败、腐败有多严重等问题，最终会有一个答案。但愿答案不会来得太晚。
