三峡工程从论证到建设，一直质疑不断。其中关于三峡基金的质疑颇多，最近媒体报道中央巡视组巡视发现三峡工程存有招投标暗箱操作、工程建设项目分包等可能存在腐败的行为，尤其是三峡集团公司爆出董事长曹广晶、总经理陈飞双双被免职的惊人消息后，再一次引发了人们对三峡基金使用的质疑。
三峡基金，即三峡工程建设基金，是国务院为筹集三峡工程建设所需资金而设的专项基金。其来源，除了部分是葛洲坝电厂发电利润，主要是通过对居民用电加价来筹集的。
将葛洲坝电厂上缴利润转作三峡基金，从1984年即已开始。到1993年，国家计委、财政部、电力部、国家物价局联合发出通知，以提高葛洲坝电厂上网电价筹集三峡资金,从1993年l月l日起,对葛洲坝电厂上网电价在现行电价基础上每年提价一分，分4年到位，每千瓦时共提价4分。1993年的提价按1992年收受电量164.6亿千瓦时执行，提价额1.646亿元，其中华中电网1.535亿元(湖北电网1.184亿元、河南电网1010万元、湖南电网2070万元、江西电网430万元)，华东电网1110万元。1997年起，葛洲坝电厂上网电价又多次提高，但到底收了多少钱，无从而知，只有一个测算，估计1993-2009年约100亿元。
居民用电加价，有过多次。首先是从1992年起每度电征收3厘钱(除国家扶贫的贫困地区的农业排灌、县及县以下集资建设自行管理的孤立电网以外的各类用电量，西藏自治区例外不收)，1994年改为每度电4厘钱，自1996年2月1日起，在三峡工程直接受益地区和经济发达地区的十六个省、直辖市(湖北、湖南、河南、江西、广东、福建、浙江、江苏、上海、安徽、山东、北京、天津、河北、山西、四川)每度电提高到7厘钱征收。1997年3月25日起又执行新的标准，八省、市再加收6-8厘(江苏、浙江、湖北、上海市由每度电7厘提高到1.5分，安徽、湖南、河南、江西由7厘提高到1.3分)，四川省和重庆市每度电新加征3厘。2003年1月1日起开始执行新的标准，湖北免征，湖南、江西、河南分别调整为每度电0.98分、1.12分、1.24分钱，华东区不变。
三峡基金的征收管理办法，从财政部工交司工作人员陈宗法(公开资料显示曾为工交司副处长)1995年发表的文章透露出来的信息看，应该是由该司起草、代拟的。征收数额，是根据国家确定的电量计划，于每年年初由电力部门与财政部门、计划部门商定下达各省、市、自治区征收三峡基金的年度计划(或年度调整计划)。1992年、1993年、1994年下达的三峡基金征收计划分别为7.2亿元、15.7亿元、19.3亿元。在征缴管理上，明确规定三峡基金由各地电力企业负责代征，由财政部驻各省、市、自治区财政厅(局)中央企业财政驻厂员处(简称“中企处”)及其下属机构负责监缴。“中企处”后来似乎改称为“专员办”(财政部驻各地财政监察专员办事处)。
三峡基金刚开始征缴时似乎并不顺利，有些省份曾要求免交甚至拒交。为此，出台了严厉的通知，要求“不得以任何理由减免或缓征”，“对1992年和1993年1至5月份应交而未交的‘三峡基金’，必须在今年(指1993年)6月底以前彻底交清，不得拖欠。否则，要追究有关部门主要领导人的责任。”在严厉督责下，征缴变得顺利，到1993年底，累计入库18.48亿元，完成应征数的71%，其中完成征收任务80%以上的有14个省、区。1994年，征收工作进展得更加理想，到9月底入库16亿元，完成当年计划的84%。按累计数计算，1992年到1994年9月，应上交三峡基金37.4亿元，实际入库35.2亿元，完成任务的94%。“与此同时，财政部门累计拨付三峡基金35亿元。这不仅保证了三峡工程前期准备工作的资金需求，而且进入1994年9月份还出现了能预付工程款、资金有结余的现象，开创了基建史上特大型工程资金供应的奇迹。因此，无论是国务院领导、国家有关部门，还是三峡公司、三峡移民开发局都非常满意。”(陈宗法：《关于财政参与基金管理的若干思考：从三峡工程建设基金看财政管理》，《财政研究》1995年第4期)然而，问题也不是没有，在有些省份，因为有些企业经营出现困难而欠缴电费，连带也就欠缴三峡基金，出现了电力部门垫付基金款的情况。
