1990年后，美国海军为A-6E更换了波音公司研制的碳纤维、环氧树脂复合材料机翼，寿命比原来的金属机翼长4倍，增强了外挂力。此外，A-6E/TRAM的发动机改装为普拉特·惠特尼公司的J52-P-8B涡轮发动机。
A-6E/SWIP
是按照美国海军的“系统武器综合计划”改进的新型，将换装普拉特·惠特尼公司的J52-P-408/409发动机，AN/APQ-156多模态攻击雷达，广角平视显示器，夜间攻击导航系统，GPS系统，MIL-STD-1553B数据总线，中央大气数据计算机，雷达告警接收机和AN/ALQ-126电子对抗系统等，从而具有发射AGM-88“哈姆”反辐射导弹、AGM-84“鱼叉”反舰导弹、AGM-65“幼畜”空-地导弹和先进中距空空导弹的能力。
美军原计划将110架A-6E改进成A-6E/SWIP，以弥补A-12下马所照成的空缺。但由于苏联解体，美国军费削减，加上更好的F/A-18E和F/A-18F出现，A-6E/SWIP计划于1992年1月彻底终止，最后共生产了21架。
A-6F
根据1984年7月签订的合同，格鲁门公司提出对A-6攻击机进行重大改进的方案。方案包括采用新的航空电子设备，采用经过改进的诺顿公司15千兆赫波段雷达，机翼下增加两个“响尾蛇”导弹或AIM-120先进中距空空导弹的挂点。并换装推力为47.6千牛的通用电气公司F404-GE-400D不加力涡扇发动机。安装一台凯撒公司的平视显示器、两台显示处理机和五台多功能显示器。新飞机将为驾驶员装备垂直和水平情况显示器，为轰炸领航员提供前视红外探测系统、雷达和武器管理显示器。所有这五种显示装置以及飞机的AYK-14战术计算机都与F-14D“雄猫”飞机上的通用。3架A-6F原型机与1987年8月26日开始首飞，原计划1990年投产，但后来美国海军提出A-12隐形攻击机计划，加上资金短缺，A-6F被迫取消。
